无法在 Mac 上的 RStudio 中加载 BiodiversityR

Question

我安装了Biodiversity，然后运行

library(BiodiversityR)

，然后它说“正在加载所需的包：tcltk”。装载持续了10个小时。然后我重新启动 mac 并再次尝试，但又发生了。

Answer 1

太长；没读过

问题通常与您的 R 版本或软件包版本有关，因此请先更新您的 R。如果不起作用，请更新您的软件包。如果 install.packages() 没有为您提供最新版本，请转到 cran 站点并下载该文件，解压缩它，然后替换库中的旧包文件。

我做了什么

我再次下载并安装了XQuartz和

library(BiodiversityR)

，这次它给了我一些消息（太棒了！）如下。

# Loading required package: tcltk
# Loading required package: vegan
# Loading required package: permute
# Loading required package: lattice
# This is vegan 2.6-4
# Error: package or namespace load failed for ‘BiodiversityR’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
#   namespace ‘Rcmdr’ 2.7-2 is being loaded, but >= 2.9.1 is required
# In addition: Warning message:
#   package ‘BiodiversityR’ was built under R version 4.3.1 

错误与“Rcmdr”有关，似乎已经过时了，所以我做了

install.packages("Rcmdr”)

，但有一些警告如下。

# Installing package into ‘/Users/Kang/Library/R/x86_64/4.1/library’
# (as ‘lib’ is unspecified)
# Warning in install.packages :
#   lzma decoder corrupt data
# 
# There is a binary version available but the source version is later:
#   binary source needs_compilation
# Rcmdr  2.8-0  2.9-1             FALSE
# 
# installing the source package ‘Rcmdr’
# 
# trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/Rcmdr_2.9-1.tar.gz'
# Content type 'application/x-gzip' length 9407419 bytes (9.0 MB)
# ==================================================
#   downloaded 9.0 MB
# 
# ERROR: failed to lock directory ‘/Users/Kang/Library/R/x86_64/4.1/library’ for modifying
# Try removing ‘/Users/Kang/Library/R/x86_64/4.1/library/00LOCK-Rcmdr’
# Warning in install.packages :
#   installation of package ‘Rcmdr’ had non-zero exit status
# 
# The downloaded source packages are in
# ‘/private/var/folders/7p/vbfp82515bbdqt0khfk6ks9w0000gn/T/RtmpDofZ5K/downloaded_packages’

看起来已经安装了Rcmdr，但是版本不是最新的。如果我们在尝试加载 BiodiversityR 后返回到最后一条错误消息，它会显示“正在加载命名空间‘Rcmdr’2.7-2，但需要 >= 2.9.1”。为了确认这一点，我检查了软件包的版本。

packageVersion("Rcmdr")
# ‘2.7.2’

所以我猜测需要更新版本的 Rcmdr。然后我尝试从 Github 安装该软件包，但没有成功。

devtools::install_github("https://github.com/cran/Rcmdr")

我访问了包的 cran 站点并下载了“Rcmdr_2.9-1.tgz”文件并将其解压缩，然后将其移至我的 R 包的文件夹中。

如果您不知道该文件夹的目录，请在 RStudio 中运行

.Library

。我检查了Rcmdr的版本，终于可以用了！

packageVersion("Rcmdr")
‘2.9.1’

现在我再次

library(BiodiversityR)

并收到以下消息。

# Loading required package: tcltk
# Loading required package: vegan
# Loading required package: permute
# Loading required package: lattice
# This is vegan 2.6-4
# BiodiversityR 2.15-4: Use command BiodiversityRGUI() to launch the Graphical User Interface; 
# to see changes use BiodiversityRGUI(changeLog=TRUE, backward.compatibility.messages=TRUE)
# 
# Warning message:
#   package ‘BiodiversityR’ was built under R version 4.3.1 

有一条警告消息，但似乎有效！至少，它可以在我的 Mac 上运行，尽管我的 R 版本低于 4.3.1。

为了防止再次发生一些意外错误，我决定更新我的 R。我访问 R 的站点并下载了最新版本并安装了它，重新启动了 RStudio。然而，在我再次尝试library(BiodiversityR)

之前，有一条消息。现在，有一个有趣的故事......它问我是否要安装一些必需的软件包，例如“BiodiversiryR”和“ggplot2”。我这两天都在做什么？！不管怎样，我说是的，它安装或更新了很多软件包。再说一遍，我

library(BiodiversityR)

。弹出一个老式窗口，询问我是否要安装 Rcmdr 所需的一些软件包。我点击“是”。顺便说一句，在这一步中，我还收到了以下消息。

Loading required package: tcltk
Loading required package: vegan
Loading required package: permute
Loading required package: lattice
This is vegan 2.6-4
also installing the dependencies ‘coda’, ‘arm’, ‘mi’, ‘mvtnorm’, ‘TH.data’, ‘commonmark’

安装完成后，又来了，

library(BiodiversityR)

。
没有任何消息。没有错误，没有警告。
有效。
再说一遍，我这两天都在做什么……