ImageJ宏，用于自动打开堆栈，然后进行处理并另存为tif在新目录中

Question

我正在编写我的第一个ImageJ宏脚本。现在，我有一个工作脚本，该脚本可以在一个目录中打开文件，从文件中删除前24个切片，然后将文件另存为tif。问题在于我的文件是堆栈文件，每个文件打开时，系统都会提示我输入生物格式导入选项。我想将选项编码到我的宏中，这样就不必每次都手动确定选项。有人可以给我一些指导吗？

 dir1 = getDirectory("Choose Source Directory ");
dir2 = getDirectory("Choose Destination Directory ");
list = getFileList(dir1);
setBatchMode(true);
for (i=0; i<list.length; i++) {
 showProgress(i+1, list.length);
 open(dir1+list[i]);
 // INSERT MACRO HERE
 run("Slice Remover", "first=1 last=24 increment=1");
 saveAs("TIFF", dir2+list[i]);
 close();
}

Answer 1

替换行

open(dir1+list[i]);

with

s = "open=["+dir1+list[i]+"] autoscale color_mode=Grayscale rois_import=[ROI manager] view=Hyperstack stack_order=XYCZT";
run("Bio-Formats Importer", s);

字符串s的确切格式取决于您对Bio-Formats导入程序的要求。如果您执行Plugins > Macros > Record，然后打开其中一张图像，则可以“记录”要在宏中使用的字符串格式。

一种替代方法是告诉导入器仅使用对话框而不使用对话框。这可以通过在“生物格式插件配置”中检查所用文件类型的无窗口选项来实现。但是，这不是一个健壮的解决方案，因为它（对于）其他运行您的代码的人将不起作用。