在Rcpp中，如何包含集群中安装的cpp包？

Question

我正在尝试通过以下方式将 boost 包包含在 Rcpp 文件中：

#include <boost/math/distributions/binomial.hpp>

由于安装在高性能计算集群的路由下，所以我将路由改为：

#include "/storage/icds/RISE/sw8/boost_1_81_0/boost/math/distributions/binomial.hpp"

但是，在

binomial.hpp

中，还有其他hpp文件，我无权更改其路线，所以我未能包含

binomial.hpp

。

我有办法包含包裹吗？

Answer 1

您最好将 CRAN 包 BH 与 Rcpp 一起使用。有关示例，请参阅 Rcpp Gallery 站点。

这是一个简单的例子

• 访问您为二项式列出的标题
• 显示 Boost 示例的前几行
• 保持简单，无回报等

你可以

Rcpp::sourceCpp(filename_here)

它。

// [[Rcpp::depends(BH)]]

#include <boost/math/distributions/binomial.hpp>
using boost::math::binomial;

#include <Rcpp/Lighter>

// [[Rcpp::export]]
void mybinom(double success_fraction = 0.5, int flips = 10) {
    Rcpp::Rcout << "Using Binomial distribution to predict how many heads and tails." << std::endl;

    binomial flip(flips, success_fraction);

    Rcpp::Rcout << "From " << flips << " one can expect to get on average "
                << mean(flip) << " heads (or tails)." << std::endl
                << "Mode is " << mode(flip) << std::endl
                << "Standard deviation is " << standard_deviation(flip) << std::endl
                << "So about 2/3 will lie within 1 standard deviation and get between "
                <<  ceil(mean(flip) - standard_deviation(flip))  << " and "
                << floor(mean(flip) + standard_deviation(flip)) << " correct." << std::endl
                << "Skewness is " << skewness(flip) << std::endl;
}

/*** R
mybinom()
*/

当然请注意，您还可以通过 Rcpp 从 R 获取二项式。这也记录在Rcpp Gallery。