在 R 中计算 Newick 系统发育的方差-协方差矩阵

Question

我正在尝试计算已知树的方差-协方差矩阵，但 ape 函数 vcv.phylo 没有给我预期的结果。

library(ape)

phy1 <- read.tree(text =  "((a:6,b:6):4,c:10);")
plot(phy1, show.tip.label = TRUE, edge.width = 2)
ape::vcv.phylo(phy1)
   a  b  c
a 10  4  0
b  4 10  0
c  0  0 10

但是，我期望的输出是：

  a  b  c
a 10  6  4
b  6 10  4
c  4  4 10

我一直在尝试这棵树的不同变体，以在 vcv 矩阵中获得此输出，但我似乎无法弄清楚。有什么想法吗？

Answer 1

这个矩阵对我来说看起来非常好。 c 不与 a 和 b 共享任何通向根的路径，这就是协方差为 0 的原因。