将.nii文件上传到kaggle

Question

我正在处理一些具有 .nii.gz 形式的 MRI 图像，以及它们各自的 .nrrd 类型的掩模。我压缩了包含图像和蒙版的文件夹，并将它们上传到 Kaggle 上。面具工作文件，但笔记本似乎无法识别患者文件，但您可以在笔记本右侧的文件资源管理器中看到它们，作为空文件夹而不是文件。我的猜测是，kaggle 尝试解压缩 .gz，导致出现空目录。

这是文件探索中的图像

在这里你可以看到面具

当我复制蒙版的文件路径时，效果很好

os.path.isfile('/kaggle/input/arcin-data/resampled_masks/resampled_masks/segmentation101.nrrd')
True

但这打印出错误

os.path.isdir('/kaggle/input/arcin-data/Acrin_data/Acrin_data')
False

即使我可以看到该文件夹至少存在

最后，这是来自数据集的描述

Answer 1

我找到了答案，问题是 .nii 文件实际上是被压缩的，它们是 .nii.gz 所以 Kaggle 认为它们是单独的目录而不是实际的文件，所以它尝试解压缩它们但在里面什么也没找到。我通过在本地读取它们并使用图像的 .pt 文件创建一个新数据集并按原样读取它们来解决这个问题。