任何人都知道Skimage TIfffile保存中的内容，未知错误“类型b”。

Question

保存tiff文件时出现奇怪的错误（堆栈灰度），知道吗？：

文件“ C：\ Users \ ptyimg_np.MT00200169 \ Anaconda3 \ lib \ site-packages \ tifffile \ tifffile.py”，第1241行，保存sampleformat = {'u'：1，'i'：2，'f'：3，'c'：6} [datadtype.kind] KeyError：'b'

我的代码是

 #!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
from skimage.morphology import watershed
from skimage.feature import peak_local_max
from scipy import ndimage
from skimage import img_as_float
from skimage import exposure,io 
from skimage import external 
from skimage.color import rgb2gray
from skimage.filters import threshold_local  , threshold_niblack
import numpy as np
import  tifffile 
from joblib import Parallel, delayed 
import sys

# Load an example image
input_namefile = sys.argv[1]
output_namefile = 'seg_'+ input_namefile  

#Settings 
block_size = 25 #Size block of the local thresholding 


img = io.imread(input_namefile, plugin='tifffile') 
thresh =  threshold_niblack(img, window_size=block_size , k=0.8) # 
res = img > thresh
res = np.asanyarray(res)
print("saving segmentation")
tifffile.imsave(output_namefile, res , photometric='minisblack' )

Answer 1

[该错误似乎是由在已安装的tifffile版本中写入布尔图像的错误引起的。但是，该错误已在较新的版本中修复（我的当前环境中为2020.2.16）。在我的机器上，这可以正常工作：

import numpy as np
import tifffile

tifffile.imsave('test.tiff', np.random.random((10, 10)) > 0.5)

并且对于布尔型映像，永远不会执行导致版本崩溃的行。

所以，长话短说，请使用python -m pip install -U tifffile升级您的tifffile版本，您的程序应该可以运行！

Answer 2

首先进行一些分析。令人反感的行：

sampleformat = {'u': 1, 'i': 2, 'f': 3, 'c': 6}[datadtype.kind]

正在导致KeyError异常，因为datadtype.kind（NumPy数据类型）的值设置为b，并且该词典中没有[Cis]。它仅适合b，i，u和f类型（分别是有符号整数，无符号整数，浮点数和复数浮点数）。类型c为布尔值。这看起来像是您正在使用的代码中的错误。如果它不被支持，那么代码应该真正捕获异常并以更加用户友好的方式对其进行报告，而不是仅转储异常以供您了解。

我的建议是将此问题作为作者的错误提出。

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关于问题的

根本原因

（这是基于分析的推测，所以可能是错误的，我只是将其作为可能原因提供），对您的代码进行的检查显示：b

上面的第三行会将img = io.imread(input_namefile, plugin='tifffile') 
thresh =  threshold_niblack(img, window_size=block_size , k=0.8) # 
res = img > thresh
res = np.asanyarray(res)
tifffile.imsave(output_namefile, res , photometric='minisblack' )
设置为布尔值或布尔数组，具体取决于res和img中每个像素的值（我对NumPy不够了解，无法对其进行推算）这个）。

但是，不管它们是一个还是多个

booleans

，因此，当您尝试使用thresh调用编写它们时，它会抱怨所使用的类型（如上所述，它似乎无法满足要求正确地获取布尔值）。基于其他地方的示例代码：

imsave()

我怀疑您应该使用与最后一行类似的内容将应用于图像，然后将结果值写入：

image = data.coins()
mask = image > 128
masked_image = image * mask

将蒙版应用于原始图像应为您提供可用值的数组，您可以将这些值写回到图像文件中。请注意，我不确定您是否[

img = io.imread(input_namefile, plugin='tifffile') 
thresh =  threshold_niblack(img, window_size=block_size , k=0.8)

mask = image > 128  # <-- unsure if this is needed.
res = img * thresh  # <-- add this line.

res = np.asanyarray(res)
tifffile.imsave(output_namefile, res , photometric='minisblack' )

行，因为在我看来阈值

已经

为您提供了遮罩。我

可能

在这一点上是错误的，所以我的建议仍然是向作者提出。