Python找到最长的ORF

Question

有人可以给我展示一个简单的解决方案，以解决如何计算DNA序列中最长30bp的最长开放阅读框（ORF）吗？ ATG是起始密码子（即ORF的开始），而TAG，TGA和TAA是终止密码子（即ORF的结束）。无需使用BioPython。

Answer 1

此正则表达式可能可以完成这项工作：

ATG(...){30,}(TAG|TGA|TAA)

[(...)是一个三个字母的密码子，它与{30，}匹配30次或更多次，并且只要找到(TAG|TGA|TAA)之一就停止。

此正则表达式可以帮助您找到所有ORF，现在您只需要找到最长的琐碎字符即可。