使用 zcat 将 gzip 压缩文件传递给带有选项的工具

Question

有人在这里提出了这样的问题，但从未得到解答。

我需要将 fastq 文件作为选项传递给不接受 gzip 压缩输入的工具。除了解压每一个之外真的没有其他选择吗？

当我通过 gzipped 版本时失败：

mytool -s sample.fastq.gz -f fastq -o output

出于绝望，我尝试过这个（显然不起作用）：

mytool -s <(zcat | sample.fastq.gz) -f fastq -o output

我无法直接通过管道传输它，但是有没有比我在下面选择的更简单/更直接的方法？

zcat sample.fastq.gz > sample.fastq
mytool -s sample.fastq -f fastq -o output
rm sample.fastq

速度很慢，而且对于大量文件来说似乎带来了很多不必要的麻烦。我不是最擅长编码，但总是乐于学习新技巧。

谢谢！

Answer 1

您正在寻找 Bash 进程替换 功能，该功能将从您的 zcat 进程创建一个临时文件描述符，并将其作为参数传递给工具。如果您将

<(zcat | sample.fastq.gz)

替换为正确的语法

<(zcat sample.fastq.gz)

，它可能适用于您的工具。

许多生物信息学工具都需要一定的文件名约定。在这种情况下，您可以使用 FUSE 文件系统驱动程序，如此处

所述