如何在 Cytoscape 中可视化网络子集？

Question

我使用 WGCNA 生成的单独节点和边缘文件创建了一个网络。该网络有 381 个节点和超过 20K 条边。我想了解如何对放大到我感兴趣的基因的一个基因（节点）以及与感兴趣的基因具有相似表达的其他连接节点的巨型网络进行子集化？

谢谢！ 阿贝尔

我尝试根据重量等列值进行过滤，但最终没有得到我想要的。

Answer 1

选择仅包含“感兴趣”节点的大图的特定子集通常很简单。要详细回答，我们需要有关如何定义感兴趣的节点的详细信息。

总体来说：

• 循环节点
  • IF 节点“有趣”
    • 将节点复制到子集
• 循环子集中的每对节点
  • IF 节点对在原始图中链接
    • 将链接复制到子集

我猜你已经尝试过这样的事情了。如果它不起作用，那么您的代码中可能存在错误。如果没有看到您的代码，我们无法提供帮助。