Slurm 待处理工作

Question

我对 slurm 有疑问，我执行的每项工作都处于待定状态

我不知道该怎么做（我是这个领域的新手）

scontrol: show job
JobId=484 JobName=Theileiria_project
   UserId=dhamer(1037) GroupId=Bio-info(1001) MCS_label=N/A
   Priority=4294901741 Nice=0 Account=(null) QOS=normal
   JobState=PENDING Reason=BeginTime Dependency=(null)
   Requeue=1 Restarts=481 BatchFlag=1 Reboot=0 ExitCode=0:0
   RunTime=00:00:00 TimeLimit=01:00:00 TimeMin=N/A
   SubmitTime=2022-04-19T08:47:58 EligibleTime=2022-04-19T08:49:59
   AccrueTime=2022-04-19T08:49:59
   StartTime=2022-04-19T08:49:59 EndTime=2022-04-19T09:49:59 Deadline=N/A
   SuspendTime=None SecsPreSuspend=0 LastSchedEval=2022-04-19T08:47:58
   Partition=defq AllocNode:Sid=omix:377206
   ReqNodeList=(null) ExcNodeList=(null)
   NodeList=(null)
   BatchHost=omics001
   NumNodes=1 NumCPUs=30 NumTasks=30 CPUs/Task=1 ReqB:S:C:T=0:0:*:*
   TRES=cpu=30,mem=32G,node=1,billing=30
   Socks/Node=* NtasksPerN:B:S:C=0:0:*:* CoreSpec=*
   MinCPUsNode=1 MinMemoryNode=32G MinTmpDiskNode=0
   Features=(null) DelayBoot=00:00:00
   OverSubscribe=NO Contiguous=0 Licenses=(null) Network=(null)
   Command=/home/dhamer/test.sh
   WorkDir=/home/dhamer
   StdErr=/home/dhamer/Theileiria_project.log
   StdIn=/dev/null
   StdOut=/home/dhamer/Theileiria_project.log
   Power=

Answer 1

Reason=BeginTime

 输出中的 

scontrol

表示（根据

man squeue

）“尚未到达作业的最早开始时间”。这通常是因为队列已满，或者您的作业在队列中的优先级较低。

我会咨询您的系统管理员或您的 HPC 服务台。

顺便说一下，您评论中的提交命令与

scontrol

输出不匹配，因为在脚本中您将时间限制设置为 5 分钟，但输出表明时间限制为 1 小时。

Answer 2

要检查 SLURM 队列中正在运行和待处理的作业，您可以在 bash 命令中运行如下内容：

squeue --format="%.18i %.9P %.30j %.8u %.8T %.10M %.9l %.6D %R" --states="PENDING,RUNNING"

如果您知道分区名为“bigmem”，例如，您可以通过在命令行中输入以下内容来缩小返回的作业列表：

squeue --format="%.18i %.9P %.30j %.8u %.8T %.10M %.9l %.6D %R" --partition="bigmem" --states="PENDING,RUNNING"

这将返回类似的东西：

             JOBID PARTITION        NAME     USER    STATE       TIME TIME_LIMI  NODES NODELIST(REASON)
           2714947    bigmem    step2.sh    user1  PENDING       0:00  12:00:00      1 (Resources)
           2206052    bigmem    mcca_jhs    user2  RUNNING 8-22:52:18 11-00:00:00    1 t0601