Google Colab：如何解压缩上传到 Google Drive 的文件？

Question

我有一个文件存储在我的谷歌驱动器的

Bioinformatics project

文件夹中。我想加载和解压这个文件

gbm_tcga_pub2013.tar.gz

.

from google.colab import drive
drive.mount('/content/gdrive')

path='/content/gdrive/MyDrive/Bioinformatics project'

!tar -xvzf path/gbm_tcga_pub2013.tar.gz

回溯：

tar: path/gbm_tcga_pub2013.tar.gz: Cannot open: No such file or directory
tar: Error is not recoverable: exiting now

Answer 1

tar

是 bash 命令。

path

是一个 Python 变量。可能有一种混合它们的方法，但事实并非如此。在这种情况下，

tar

命令正在寻找

path/gbm_tcga_pub2013.tar.gz

目录，该目录显然不存在。以下应该有效：

!tar -xvzf /content/gdrive/MyDrive/Bioinformatics project/gbm_tcga_pub2013.tar.gz

Answer 2

有点晚了，但对于 2023 年的读者来说：

使用 Google Colab 处理 Google Drive 中的文件时，您需要注意以下几点：

• Colab（notebooks）直接运行Python
• 当你调用 shell/bash 命令时，你需要在它前面加上“！”，这会打开一个新的 shell 并在那里执行命令，然后关闭它。
• 要将 Python 变量值传递给 bash 命令，您可以使用 {myvar} 语法（较新的语法）。
• 在任何情况下，它们之间的文件传输都是有问题的，而且速度很慢，尤其是对于大文件。因此，首选使用 shutil (Python)。
• 从VM创建tar.gz到驱动器时，在关闭VM会话之前，需要刷新它，直接关闭驱动器会切断流。

所以任务可以这样完成：

drivepath = '/content/gdrive'

from google.colab import drive
drive.mount(drivepath)

datapath = f'{drivepath}/MyDrive/mydatadir'
fn = 'expandme.tar.gz'
datafile = f'{datapath}/{fn}'

!tar -xvzf {datafile}
# or
!tar -xvzf {datapath}/expandme.tar.gz
# or
!tar -xvzf {drivepath}/MyDrive/mydatadir/expandme.tar.gz

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