安装Bioconductor软件包自动化

Question

我试图在R脚本的Ubuntu 16.04上自动安装Bioconductor及其不同的软件包。但是，每个安装都需要交互来说 - 是，是的我想安装它和-a来更新所有。有没有办法自动安装？类似于shell的-y或yes |是。

#!/usr/bin/Rscript

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")    
biocLite()
biocLite("GenomicRanges")
biocLite("BiocGenerics")
biocLite("rtracklayer")

Answer 1

可以通过以下方式获得biocLite功能的帮助：

?biocLite

它将显示ask参数以跳过所有问题。

biocLite(ask = FALSE)