GAM下降的因子水平适合[关闭]

Question

我正在使用GAM模型根据给定点的某些环境条件预测物种丰度。我已经创建了一个广义加法模型（GAM）来做这个并基于我的预测。但是，我在模型方程中有一个分类变量（沉积类型= [1,2,3,4]）。这个等式似乎工作正常，但拟合的结果似乎吸收了截距中的因子水平'1'。见下文。

任何人都可以解释这个模型发生了什么？我不完全明白。这是使用mgcv包在R中运行的。谢谢！

Equation:            
abundance ~ s(x) + s(y) + s(z) + s(w) + factor(Sediment)
Parametric coefficients:  
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)

(Intercept)   ------------_7.138 ----- 0.000 ------7541.26   2e-16  
        factor(Sediment)2 -0.2496868  0.0016749 -149.08   2e-16  
        factor(Sediment)3 -0.5128687  0.0058931  -87.03   2e-16  
        factor(Sediment)4 -0.1467369  0.0034606  -42.40   2e-16

Approximate significance of smooth terms:  
              _________   _edf Ref.df  Chi.sq p-value    
s(x) 3.983      4   69264  2e-16  
s(y)  3.998      4 1147536  2e-16   
s(z)  3.995      4  197458  2e-16  
s(w)   3.999      4  340085  2e-16

Answer 1

截距表示沉积物类型1的平均丰度，因为这将是参考水平（第一级）。估算值是其他沉积物类型的系数，表示该类型与参考水平（沉积物类型1）的偏差。

这是模型中具有因子变量的标准惯例;如果在模型中有截距，则无法表示它，并且因子的每个级别因为模型矩阵的结果列将彼此线性相关 - 您可以表示相同的信息，其中至少少一列模型矩阵。

如果你愿意，你可以通过在公式中添加- 1来删除拦截，但我没有在这里看到这样做的原因。