将数据从 postgres 导入到 cytoscape

Question

我一直在尝试将一些 GIS 数据从 postgis 数据库加载到 Cytoscape 3.6 中。我正在尝试获取一些我使用 sif 文件格式的 inDegree 和 outDegree 值。

只要按照以下格式写出数据即可

源点与目标点交互

Cytoscape 很高兴阅读它。

我只是想知道是否有包含我自己的指标来衡量源点和目标点之间的成本

Answer 1

当然！将文本文件读入 Cytoscape 的方法有多种 - SIF 只是其中之一。我会创建一个看起来像 SIF 的文件，但实际上是一个更完整的文本文件：

Source\tTarget\tScore
source_point\ttarget_point\t1.1
...

然后使用“文件->导入网络->文件”，选择源和目标并将分数作为边缘属性。每条线上可以有任意多个属性，甚至可以混合边缘属性、源节点属性和目标节点属性。