我正在寻找可视化大型节点网络（超过一百万个节点和边缘），并正在寻找合适的工具来实现这一点。 Cytoscape 具有我们正在寻找的许多功能，但尚不清楚它是否支持这种规模的网络，尤其是交互式使用。
最有可能实现这一点的方法是使用多个 CPU 或 GPU 并行化可视化。这可以在 Cytoscape 中完成吗？
尚不清楚您是否拥有超过一百万个节点及其边，或者总数是否超过一百万（节点+边）。如果是后者，只要您的计算机上有足够的内存（并且有一点耐心）Cytoscape 就可以很好地处理。我在 32Gb Mac 笔记本电脑上渲染的图表远远超过了它。
图形的初始读取和渲染可能需要一点时间，但是一旦渲染，图形的操作就非常快了。对于非常大的图（>5,000,000 条边），我通常使用 64Gb 台式机。哦，对于布局，我推荐 Prefuse 力定向布局——它的缩放效果最好......