在ITK-SNAP中加载带标签的图像以进行渲染。

Question

我正试图得到一个小脑的网格。问题是，核磁共振卷没有足够高的分辨率，使不同的子结构的可靠识别，所以我做的是解析组织学染色幻灯片的划线的svg文件，并将其转换为填充掩模，那种你会得到什么后，使用多边形工具的核磁共振卷的一个切片。我这样做是为了20片左右。

我可以在snap中加载一个有标签的体积，其中每个voxel被标记与一些结构对应的id，每个结构有自己的rgb颜色代码，有点像加载标签功能。当我把这个体积加载到snap中时，snap是否能识别出标签化的voxels，并允许我使用插值标签功能将这些标签插值到未标签化的切片上，然后做一个导出网格。现在我所做的是

import nibabel as nib
import numpy as np

d3 = fixed_3d.astype("int16")
d3[210,:,:][ind] = 1 # ind is the coords inside my structure
new_image = nib.Nifti1Image(d3, affine=np.eye(4))
nib.save(new_image, "vol.nii.gz")

fixed_3d是我的Atlas卷，然后我把它加载到itk snap中，并做一个导入标签。我的标签文件看起来像

IDX -R- -G- -B- -A- -VIS MSH标签

0     0    0    0  0.00    0    0    "Clear" 

1    48  126  110  1.00    1    1    "arb"

但是，当我点击导出为曲面网格时，我得到了所选标签缺少网格的信息。

Answer 1

我认为你缺少了一个将组织学幻灯片注册到MR图像的步骤。否则你的工作流程看起来不错。