如何过滤IQR低于特定值的矩阵的列？

Question

filter <- apply(expressionMatrix, 2, function (x) (colIQRs(x, na.rm = TRUE) < 1.6))

“参数x是类数字，应该是一个矩阵”错误被抛出。如何应对？我认为逻辑上这段代码是正确的：我删除了IQR值小于1.6的所有列。

如何在技术上编码？

Answer 1

来自包matrixStats的colIQRs需要矩阵作为输入。但是通过将其包装在apply语句中，您一次只能给它一个列向量。解决方案是将整个矩阵发送到colIQRs，然后将结果的子集：

filter <- expressionMatrix[, colIQRs(expressionMatrix, na.rm = TRUE) < 1.6]