在 R 中的热图行上添加矩形

Question

我正在尝试在

graphics::rect

函数调用的一行周围添加矩形框（即

heatmap

），如下所示：

stats::heatmap(matrix(data = rnorm(25),nrow = 5,ncol = 5),Colv = NA,scale = "none")

为了确定

rect

的参数，我需要能够自动检索绘制的热图的 xlim 和 ylim （不是侧面的树状图），但我不知道该怎么做..限制似乎不是 1:5（对于本例）。

Answer 1

知道在哪里放置

rect

角度的技巧是获取正确的用户坐标。不幸的是，

par("usr")

（我最初的猜测）返回

c(0, 1, 0, 1)

，没有帮助。然而，我通过阅读?heatmap

找到了一个关于

为什么的线索，其中，在最后的“注释”中，它说

     ‘heatmap()’ uses layout and draws the image in the lower right
     corner of a 2x2 layout.  Consequentially, it can *not* be used in
     a multi column/row layout, i.e., when ‘par(mfrow = *)’ or ‘(mfcol
     = *)’ has been called.

这意味着在整个图完成后我们无法分解子图的用户坐标。然而......在同一个帮助页面中，我们看到

add.expr: expression that will be evaluated after the call to image.
          Can be used to add components to the plot.

我相信“调用图像”意味着实际的矩阵颜色图。

所以我尝试了这个：

stats::heatmap(mtx, Colv = NA, scale = "none", add.expr = { browser(); 1; })
Browse[4]> par("usr")
[1] 0.5 5.5 0.5 5.5

好的，所以我们需要将您的

rect

添加到

add.expr

调用中，坐标很直观。

whichrow <- 3
xs <- c(0, ncol(mtx)) + 0.5
ys <- (whichrow - 1:0) + 0.5
stats::heatmap(
  mtx, Colv = NA, scale = "none",
  add.expr = {
    rect(xs[1], ys[1], xs[2], ys[2], lwd = 3, xpd = NA)
  }
)

备注：

• 左下角的左下角是

  0.5, 0.5

  ，所以我们需要相应地偏移

  xs

  和

  ys

• xpd=NA

  是停止“剪辑”；如果没有它，左/右矩形边框的一部分会被剪掉，因此会更薄；不是必需的，但一致

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数据

set.seed(42)
mtx <- matrix(data = rnorm(25), nrow = 5, ncol = 5)