绘制由3d numpy数组表示的3d体积数据

Question

我已经看到vtkplotter支持各种体积图像格式，但它是否支持绘制numpy数组？我有.mhd格式的图像，我转换为.npz文件，并希望使用提到的库绘制它。有办法吗？

import numpy as np
data = np.zeros((3,3,3))
# how to plot this?

如果您知道任何其他可视化体积数据的工具，适合医学分析，请告知。我尝试了mayavi，但它耗费了大量内存，导致我的计算机崩溃。

Answer 1

您可以使用numpy_support将numpy数组转换为vtkImageData（即VTK 3D图像）。

下面是一个例子，关于类型转换有一个numpy警告：我不认为它是相关的，但我不是一个蟒蛇大师......

from vtk.util import numpy_support
import vtk
import numpy as np

data = np.zeros((3,3,3))

# vtkImageData is the vtk image volume type
imdata = vtk.vtkImageData()
# this is where the conversion happens
depthArray = numpy_support.numpy_to_vtk(data.ravel(), deep=True, array_type=vtk.VTK_DOUBLE)

# fill the vtk image data object
imdata.SetDimensions(data.shape)
imdata.SetSpacing([1,1,1])
imdata.SetOrigin([0,0,0])
imdata.GetPointData().SetScalars(depthArray)

# f.ex. save it as mhd file
writer = vtk.vtkMetaImageWriter()
writer.SetFileName("test.mhd")
writer.SetInputData(imdata)
writer.Write()

...并且可视化vtk体积数据，您可以使用Paraview。