使用R中的plot3D包重叠数据标签

Question

我目前正在使用R中的plot3D包创建一个3D散点图，我想将数据标签添加到我的数据点。但是，我的一些数据点彼此具有相同的值，我想找到一个类似于ggrepel的解决方案，它会从点偏移数据标签，以便这些点的标签清晰可辨。示例代码如下：

names <- c("A", "B", "C", "D", "E")
x <- c(1,1,2,3,4)
y <- c(1,1,3,4,5)
z <- c(1,1,4,5,6)

scatter3D(x, y, z)
text3D(x,y,z, names, add = TRUE, cex = 1)

A和B的标签目前叠加在一起。

我也尝试使用directlabels包，它似乎没有识别text3D或plot3D对象。任何帮助将不胜感激。先感谢您！。

Answer 1

plotrix::thigmophobe函数用于尝试阻止标签在2D图中重叠。 rgl没有任何等价物，因为您可以旋转绘图，所以您始终可以将标签旋转到彼此之上。但是，下面的函数会尝试为一个特定视图放置标签，以使它们不重叠。

thigmophobe.text3d <- function(x, y = NULL, z = NULL, texts, ...) {
  xyz <- xyz.coords(x, y, z)

  # Get the coordinates as columns in a matrix in
  # homogeneous coordinates
  pts3d <- rbind(xyz$x, xyz$y, xyz$z, 1)

  # Apply the viewing transformations and convert 
  # back to Euclidean
  pts2d <- asEuclidean(t(par3d("projMatrix") %*% 
                         par3d("modelMatrix") %*% 
                         pts3d))

  # Find directions so that the projections don't overlap
  pos <- plotrix::thigmophobe(pts2d)

  # Set adjustments for the 4 possible directions
  adjs <- matrix(c(0.5, 1.2,   
                   1.2, 0.5,  
                   0.5, -0.2,  
                  -0.2, 0.5), 
                 4, 2, byrow = TRUE)

  # Plot labels one at a time in appropriate directions.
  for (i in seq_along(xyz$x)) 
    text3d(pts3d[1:3, i], texts = texts[i], 
           adj = adjs[pos[i],], ...)
}

上面的函数存在一些问题：它基于rgl::text3d而不是plot3D::text3D，因此可选参数是不同的;它一次绘制一个标签，如果你有很多标签，它可能是低效的，它不会进行错误检查等。

编辑添加：

未发布的版本0.99.20的rgl添加了thigmophobe3d功能来做到这一点。你现在必须从https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=234或Github镜子https://github.com/rforge/rgl得到它。