在python中将.dcm转换为.nii的错误

Question

[我想使用dcm2niix在python中将.dcm文件转换为.nii，但是运行命令converter.run（）时出现错误，请提出解决方案。代码如下：

       from nipype.interfaces.dcm2nii import Dcm2niix
       converter = Dcm2niix()
       converter.inputs.source_names = ['BRAINIX_DICOM_FLAIR_IM-0001-0001.dcm']
       converter.inputs.compress = 'i'
       converter.inputs.single_file = True
       converter.inputs.output_dir = r'C:/Users/Admin'
       converter.cmdline 
       converter.run()

我收到以下错误消息：环境只能包含字符串可能是什么问题？请帮助

Answer 1

旧版dcm2nii和现代dcm2niix具有different arguments。对于dcm2niix，您将要指定source_dir而不是source_names。 Nipype对于提供完整路径非常挑剔（在Unix上，/Users/cr/dcm可以工作，但~/dcm会产生错误）。

from nipype.interfaces.dcm2nii import Dcm2niix
converter = Dcm2niix()
converter.inputs.source_dir = '/Users/cr/dcm'
converter.inputs.compression = 5
converter.inputs.output_dir = '/Users/cr/niix'
converter.cmdline
converter.run()