ImageJ 宏遍历文件夹，一次合并三个图像，在第一次迭代期间跳过一个图像

Question

我正在制作一个脚本来将通道合并到 4D 堆栈中。它应该一次在一个文件夹中获取三张图像，合并它们，然后保存合成图像。

我不明白的是，在第一次迭代中，它跳过第三张图像（仅打开前两张），然后从第三张图像开始下一次迭代。所以只有第一次迭代是错误的，但它并不像它一起跳过第一张图像。

// Specify the directory containing the images
dir = getDirectory("Select a directory");
output = dir + "Merged" + File.separator; 
File.makeDirectory(output);

// Get a list of all the files in the directory
list = getFileList(dir);

// Loop through the list of files, three at a time
for (i = 0; i < list.length; i += 3) {
    if (endsWith(list[i], ".tif")) {
        open(dir + list[i]);
    }

    if (i + 1 < list.length) {
        if (endsWith(list[i + 1], ".tif")) {
            open(dir + list[i + 1]);
        }
    }

    if (i + 2 < list.length) {
        if (endsWith(list[i + 2], ".tif")) {
            open(dir + list[i + 2]);
        }
    }
    
    // Get name of the image without channel number
    imageName = substring(getTitle(), 0, (lengthOf(getTitle())-9));
    imageList = getList("image.titles");
    Array.sort(imageList);
    
    // Merge the channels and save
    run("Merge Channels...", "c1=" + imageList[0] + " c2=" + imageList[1] + " c7=" + imageList[2]);
    rename(imageName + "_merged");
    
    saveAs("Tiff", output + getTitle() + ".tif");
    close("*");
}

用打印数组命令和 waitForUser 替换合并通道命令后，我可以看到它打开图像 1、2，提示 waitForUser，打开 3、4、5，提示 waitForUser 等。

我觉得我犯的错误很小，但我似乎找不到它..

Answer 1

我不知道答案是否可能这么简单......但我注意到这里：

//合并通道并保存 run("合并通道...", "c1=" + imageList[0] + " c2=" + imageList[1] + " c7=" + imageList[2]); 重命名(imageName + "_merged");

你已经写了c1、c2，然后是c7...我尝试在我自己的图像上运行这个（也是三个一组），并将c7更改为c3，现在它似乎可以工作了：P

Answer 2

可能回答有点晚了，但是，我遇到了只能打开两个文件的问题，并且似乎完全跳过了第一个“打开”命令。

玩了一段时间后，我打开了三个文件，但只有当我列出了 4 个“if ... open”的交互时。 经过一番尝试后，我做了下面详细介绍的小更改，这让它打开了所有三个文件，仅用 3 个打开命令即可对文件进行一些重命名和保存，然后打开列表中的下 3 个文件并重复：

for (i = 0; i < list.length; i +=3) {           //Adjust += number to appropriate number of channels
file = list[i];
if (i < list.length) {
    if (file.endsWith(".tif")) {
        open(dir+file);
    }
}
if (i + 1 < list.length) {
    if (file.endsWith(".tif")) {
        open(dir + list[i + 1]);
    }
}
if (i + 2 < list.length) {
    if (file.endsWith(".tif")) {
        open(dir + list[i + 2]);
    }
}

等等，我猜你想要多少个频道。

我无法说明您的代码对我有多大帮助！ 我对斐济宏相当陌生，并且一直在尝试找出如何同时打开多个 tif 文件。

希望这有帮助，再次感谢打开多个文件的代码！