当我在热图中使用实验室行以及如何避免重叠时，为什么标签的顺序会发生变化

Question

我的数据方式比以下大得多

df<- structure(c(14.12087951, 14.99460661, 33.46234987, 10.17615856, 
5.274590779, 2262.260928, 30.95475607, 489.3857185, 100.2231956, 
1.927758832, 12063.47923, 12.40706075, 2010.075103, 1161.375364, 
789.7376463, 3118.915801, 202.9969196, 5.098794774, 913.8294948, 
25.66624202, 254.0262357, 351.1804779, 1.164233553, 1.725950597, 
1.73866603, -0.182861618, 1.073288641, 2.355917497, 1.903814342, 
2.106296918, 1.641698736, 1.00452836, 1.530285115, 1.224115304, 
1.549014357, 1.571649698, 1.336788511, 1.566214154, 1.287767608, 
1.43739379, 1.107868132, 1.446075949, 1.053322707, 1.084792083
), .Dim = c(22L, 2L), .Dimnames = list(c("A", "AAA", "AAAA", 
"AAAAA", "AAAAAA", "AAAAAAA", "B", "BB", "BBB", "BBBB", "BBBBB", 
"F", "FFF", "FFFFF", "FFFFFF", "FFFFFFF", "FFFFFFFF", "E62534", 
"GDTDFS", "AZE", "ZIEY", "SIS"), c("value1", "value2")))

当我使用heatmap时，我试图只显示特定的标签。所以我这样做

Labelst <- c("BBBBB", "AAAAAAA", "SIS","ZIEY")
heatmap.2(df, labRow = Labelst)

我不使用labRow，那么标签的顺序是不同的。例如，将以下内容与上述进行比较

heatmap.2(df)

现在，最大的问题是如何避免重叠？当我有1000行时，当我尝试只显示特定的行时，它们重叠。有人可以告诉我如何用闪光灯显示特定的行标记吗？或者彼此相距很远？我不想改变字体并使其变小

Answer 1

请务必阅读heatmap.2的帮助页面，因为它非常详细。虽然没有特别说明，但labRow采用与data.frame相同长度的向量。帮助陈述these default to rownames(x)。

因此，只需用空字符串替换任何不需要的标签。

have <- rownames(df)
want <- c("BBBBB", "AAAAAAA", "SIS","ZIEY")
have[!(have %in% want)] <- ""
heatmap.2(df, labRow = have)

我错过了你问题的后半部分。 heatmap.2可用于修改/更改行/列名的选项如下：

       # Row/Column Labeling
       margins = c(5, 5),
       ColSideColors,
       RowSideColors,
       cexRow = 0.2 + 1/log10(nr),
       cexCol = 0.2 + 1/log10(nc),
       labRow = NULL,
       labCol = NULL,
       srtRow = NULL,
       srtCol = NULL,
       adjRow = c(0,NA),
       adjCol = c(NA,0),
       offsetRow = 0.5,
       offsetCol = 0.5,
       colRow = NULL,
       colCol = NULL,

特别注意cexRow，它指定了大小。更改此变量以停止重叠。