测试HDF5/c++中数据集是否存在并处理错误

Question

我正在使用 C++ 中的 HDF5 库读取 *.hdf5 系列文件。这些文件具有相同的数据集（相同

keys

，但信息不同），但有时文件中可能会丢失单个数据集（例如，在 100 个文件中我有数据集

apple

，在 3 个文件中我没有任何

 apple

数据集），在这些情况下存在以下例外：

HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.7) thread 0:
 #000: H5D.c line 298 in H5Dopen2(): unable to open dataset
   major: Dataset
   minor: Can't open object
 [...]
 #005: H5Gloc.c line 376 in H5G__loc_find_cb(): object 'apple' doesn't exist
   major: Symbol table
   minor: Object not found
terminate called after throwing an instance of 'H5::GroupIException'

我想处理此异常，例如，当发生此错误时为该文件创建一个空的苹果数据集。

在这里，我发布了我读取文件->组->数据集的代码块。处理错误，我想创建一个空的

GoldenApples

向量，即使数据集

apple

不存在。

 std::string FileName = "fruit." + std::to_string(cutID) + ".hdf5";

 fruitFile = H5::H5File(FileName, H5F_ACC_RDONLY );

 H5::Group group = fruitFile.openGroup("fruit");
 H5::DataSet dataset = group.openDataSet("apple");
 H5::DataSpace dataspace = dataset.getSpace();
 hsize_t naxes[2];
 dataspace.getSimpleExtentDims(naxes, NULL);

 AppleType = Eigen::MatrixXd::Zero(naxes[1], naxes[0]);

 dataset.read(AppleType.data(), H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);

 GoldenApples = std::vector<int>(naxes[0], 0.);
 

 //need golden apples, which are in pos (4,i) in matrix AppleType
 for (int i = 0; i < naxes[0]; i++){
   GoldenApples[i] = AppleType(4,i);
   
 }

 fruitFile.close();

Answer 1

如果您没有绑定到特定的库，请查看HDFql，因为使用它可以轻松检查 HDF5 数据集是否存在。在 C++ 中使用 HDFql，您的用例可以解决如下：

// check if dataset 'apple' exists in HDF5 file 'fruit.h5'
if (HDFql::execute("SHOW DATASET fruit.h5 apple") == HDFql::Success)
{
    std::cout << "Dataset apple exists!" << std::endl;
}
else
{
    std::cout << "Dataset apple does not exist!" << std::endl;
}

有关 HDFql 的更多信息，请查看其参考手册以及一些示例。

Answer 2

您可以通过执行

if (group.attrExists("apple"))

来检查数据集是否存在。