如何使用Nextflow调用不同环境的脚本？

Question

我有以下 conda 环境：

• wf-preprocess_env

• wf-assembly_env

每个环境都安装了独特的依赖项。我有 3 个脚本：

• preprocess.py

  我与

  wf-preprocess_env

  环境
一起使用

• assembly.py

  和

  assembly-long.py

  ，我与

  wf-assembly_env

一起使用

如何使用Nextflow来实现类似的功能？

wf-wrapper preprocess --flags

，其中

wf-wrapper

是 Nextflow 的包装器，它允许我拥有调用不同模块的不同模块。

在上面列出的情况下，

• wf-wrapper preprocess [--flags]

  将调用

  preprocess.py

  bin 中的

  wf-preprocess_env

  脚本（以及所有依赖项）。我还可以为其提供不同的 --flags，例如用于帮助的 -h 或运行所需的参数（例如，

  -o/--output_directory

  ）

• 类似地，

  wf assembly [--flags]

  将调用

  assembly.py

  脚本，

  wf assembly-long.py [--flags]

  将调用

  assembly-long.py

  的bin中的

  wf-assembly_env

  脚本。

我的问题：

• 如何构建 main.nf Nextflow 文件以将模块与特定脚本和特定环境链接起来以加载依赖项？
• 是否可以包装 main.nf 文件（例如 wf-wrapper.nf），或者是使用以下符号的唯一可能性：

  nextflow run wf-wrapper.nf --module preprocess [--flags]

  ？

注意：此时我并不想在 Nextflow 中编写整个管道，只是将现有脚本包装在 Nextflow 中，以便我可以轻松访问后端的 conda 环境。

我当前的代码如下：

#!/usr/bin/env nextflow

// Define available modules
modules = ['preprocess', 'assembly', 'assembly-long']

// Parse command line options
opts = parseOpts()

// Check if a valid module is provided
if (!opts.module || !(opts.module in modules)) {
    echo "Invalid module. Available modules: ${modules.join(', ')}"
    exit 1
}

// Define the process to execute the specified module
process wrapperScript {
    // Set the Conda environment based on the provided module
    conda "wf-${opts.module}_env"

    // Define the command to run the script with flags
    script:
    """
    # Assuming your scripts are in the bin directory of the Conda environment
    ${opts.module}.py ${opts.flags}
    """
}

// Execute the wrapperScript process
workflow {
    call wrapperScript {
        // Pass module and flags as input parameters
        input:
        module opts.module
        flags opts.flags
    }
}

但是当我调用 Nextflow run 时，它只会给我 Nextflow 帮助：

nextflow run wf-wrapper.nf --module preprocess -h

Execute a pipeline project
Usage: run [options] Project name or repository url
  Options:
    -E
       Exports all current system environment
       Default: false
....

Answer 1

您可以考虑使用 Nextflow 的

scope 

parseOpts()

，而不是 

params。

当你像这样初始化参数时：

params.module = ''
params.flags = ''

它为

params.module

和

params.flags

设置默认值。
如果您通过命令行为这些参数提供值，这些默认值将被覆盖。 Nextflow 自动将通过命令行传递的值分配给

params

对象中的各个参数。

例如：

• 如果运行

  nextflow run wf-wrapper.nf --module preprocess --flags '-h'

  ，则

  params.module

  将具有值

  'preprocess'

  ，并且

  params.flags

  将具有值

  '-h'

  。
• 如果您不提供

  --module

  或

  --flags

  ，则

  params.module

  和

  params.flags

  将保留其默认值，在本例中为空字符串。

所以你的代码是：

#!/usr/bin/env nextflow

// Define available modules
modules = ['preprocess', 'assembly', 'assembly-long']

// Parse command line options
params.module = ''
params.flags = ''

// Check if a valid module is provided
if (!params.module || !(params.module in modules)) {
    println "Invalid module. Available modules: ${modules.join(', ')}"
    System.exit(1)
}

// Define the process to execute the specified module
process wrapperScript {
    // Set the Conda environment based on the provided module
    conda "wf-${params.module}_env"

    // Define the command to run the script with flags
    script:
    """
    ${params.module}.py ${params.flags}
    """
}

// Execute the wrapperScript process
workflow {
    wrapperScript()
}

您现在应该能够使用以下命令运行 Nextflow 脚本：

nextflow run wf-wrapper.nf --module preprocess --flags '-h'

将

--module preprocess

和

--flags '-h'

替换为您所需的模块和标志。