何时使用 def - groovy shell

Question

我对大量使用 Groovy 的 nextflow 很陌生。我正在学习 groovy 来学习闭包，以便可以在 nextflow 中学习和实现。我有一小段代码，我正在尝试在 groovy shell 中打印并执行它。

f_name="MM-265-DNA-T-01-01_L003_R1_001.fastq.gz"
matcher = f_name =~ /^(MM-\w+)-DNA-(\w+)-.*_L(\d+).*$/
def (_, sample_id, sample_type, lane) = matcher[0].findAll()

当我尝试打印sample_type时，它不会打印

sample_id

并给我一个错误

Unknown property: sample_id

我尝试过以下方法来打印样本 ID 但失败：

“${sample_id}”
“$sample_id”
${sample_id}
$sample_id

如果我使用

(_, sample_id, sample_type, lane) = matcher[0].findAll()

，代码可以正常工作，但为什么它不能与

def

一起工作？
我从我的另一篇文章中得到这个https://bioinformatics.stackexchange.com/a/21339/862

Answer 1

您的 Groovy 代码本身没问题，但如果将该代码移动到

workflow

块内，Nextflow 将引发错误。我有时会看到这样的错误，这可能是这里的问题：

ERROR ~ Script compilation error
- file : main.nf
- cause: Variable `matcher` already defined in the process scope @ line X, column Y.

我们可以将示例简化为：

workflow {

    foo = 'foooooooo'

    def bar = foo
}

结果：

ERROR ~ Script compilation error
- file : main.nf
- cause: Variable `foo` already defined in the process scope @ line 5, column 15.

我认为这与 Nextflow 如何（内部）跟踪全局变量的使用有关¹。这个错误是相当意外的，但对于 Nextflow 开发人员来说，它是否是一个错误或功能将是一个问题。目前尚不清楚（至少对我而言）是否应将赋值运算符右侧的变量添加到引用变量集中。

无论如何，解决方案是更喜欢使用

def

关键字的局部变量：

workflow {
    
    def f_name = "MM-265-DNA-T-01-01_L003_R1_001.fastq.gz"
    def matcher = f_name =~ /^(MM-\w+)-DNA-(\w+)-.*_L(\d+).*$/
    
    def (_, sample_id, sample_type, lane) = matcher[0].findAll()

    println(sample_id)
    println(sample_type)
    println(lane)
}

结果：

MM-265
T
003