shQuote() 会破坏 system() 命令而不是转义空格

Question

我正在 R 脚本内运行 GCMS 软件 AMDIS 来分析 GCMS 数据。基本语法是：

system("AMDIS_PATH GCMS_FILE_PATH /S /GC /GE /E"

“/S /GC /GE /E”指的是 AMDIS 程序中的功能。

我想让代码“万无一失”，所以我允许路径带有“/”而不是“\”。我还允许路径中存在空格，用

shQuote(..., type = "cmd")

转义它们

这意味着完整的代码如下

system(paste(shQuote(gsub("/", "\\", AMDIS_PATH, fixed = T), type = 'cmd'), shQuote(gsub("/", "\\", GCMS_FILE_PATH, fixed = T), type = 'cmd'), "/S /GD /GS /E"))

这段代码不起作用（输出= 65535），但有一个问题：

如果我从 GCMS_FILE_PATH 中删除 shQuotes。然后一切都会正常工作（只要 FILE_PATH 不包含任何空格）。 所以执行这样的代码确实有效：

system(paste(shQuote(gsub("/", "\\", AMDIS_PATH, fixed = T), type = 'cmd'), gsub("/", "\\", GCMS_FILE_PATH, fixed = T), "/S /GD /GS /E"))

知道为什么 shQuote 对于 AMDIS_PATH 工作得很好，但对于 GCMS_FILE_PATH 却不行吗？我如何运行我的代码并仍然转义 GCMS_FILE_PATH 中的空格？

Answer 1

如果没有可重现的示例，很难说出这里发生了什么，但请注意

?system

说：

在 Windows 上，系统不使用 shell，并且有一个单独的功能 shell 将命令行传递给 shell。

因此使用

type = 'cmd'

可能 进行转义可能根本不合适，请考虑使用

system2

代替。

您的问题可能在于您期望

system

做什么，或者您期望

shQuote

做什么。您可以通过将

system

替换为

cat

来轻松理清这两者以进行调试。