Graphviz 不必要的长边/节点之间的距离

Question

我有一棵用 Graphviz 绘制的树，但是节点之间的距离非常大并且没有得到有效利用。这可以改进吗？

我尝试使用

mindist

、

splines

和

overlap

，但似乎没有任何效果。这是 graphviz 能做到的最好的吗？

数据：

https://pastebin.com/JUC7GhLV

代码：

import json
import pygraphviz as pgv
# Read data from the "graph1.json" file
with open("graph2.json") as f:
    edges_data = json.load(f)

# Create a new directed graph
graph = pgv.AGraph(strict=False, directed=True)

# Add nodes and edges to the graph based on the JSON data
for edge in edges_data:
    graph.add_node(edge["ID"])
    if edge["ParentID"]:
        graph.add_edge(edge["ParentID"], edge["ID"])

graph_attrs = {
    'dpi': 50, 
    'root': 10000185, 
    'mindist': 0.1
#    'splines': False,   # false 
#    'overlap':'scale'    # false
}

graph.graph_attr.update(graph_attrs)
graph.draw("output_graph.svg", prog="circo", format="svg")

Answer 1

您可能遇到了这个circo错误：

• circo 产生一些不必要的长边 (#2198) · 问题 · graphviz / graphviz · GitLab.

尝试找到circo解决方法可能不会成功（除非你感觉幸运）
尝试其他布局引擎，twopi、neato、fdp 和 dot

Answer 2

边长属性

Graphviz 具有属性

len

:

首选边缘长度，以英寸为单位

但是：

注意：neato，仅限 fdp。

另请参阅：如何在 graphviz 中指定边的长度？.

以 2 英寸为例

因此，您可以添加：

graph.edge_attr["len"] = 2  # Preferred edge length, in inches, works only with layout-engines neato or fdp
graph.draw("output_graph.png", prog="neato")

设置首选边长为 2 英寸，neato 引擎渲染的给定 4973 个节点的输出变成难以辨认、重叠的雪花，如下图所示：

以 4 英寸为例

再次尝试 4 英寸产生：

注意：渲染时间更长，文件大小也从 2 英寸 PNG 的 2.2M 增加到 15M。

以 6 英寸为例

边长 6 英寸，文本仍然无法阅读：

现在 PNG 已达到 22M。