我在Perl6中有一个基本的脚本,它运行得非常慢,比精确的perl5翻译慢约30倍。
CONTROL {
when CX::Warn {
note $_;
exit 1;
}
}
use fatal;
role KeyRequired {
method AT-KEY (\key) {
die "Key {key} not found" unless self.EXISTS-KEY(key);
nextsame;
}
}
for dir(test => /^nucleotide_\d**2_\d**2..3\.tsv$/) -> $tsv {
say $tsv;
my $qqman = $tsv.subst(/\.tsv$/, '.qqman.tsv');
my $out = open $qqman, :w;
put "\t$qqman";
my UInt $line-no = 0;
for $tsv.lines -> $line {
if $line-no == 0 {
$line-no = 1;
$out.put(['SNP', 'CHR', 'BP', 'P', 'zscore'].join("\t"));
next
}
if $line ~~ /.+X/ {
next
}
$line-no++;
my @line = $line.split(/\s+/);
my $chr = @line[0];
my $nuc = @line[1];
my $p = @line[3];
my $zscore = @line[2];
my $snp = "'rs$line-no'";
$out.put([$snp, $chr, $nuc, $p, $zscore].join("\t"));
#$out.put();
}
last
}
这在Perl5的while
中是惯用的。
这是一个非常简单的脚本,它只改变文件中的文本列。这个Perl6脚本在30分钟内运行。 Perl5翻译在1分钟内完成。
我试过读Using Perl6 to process a large text file, and it's Too Slow.(2014-09)和Perl6 : What is the best way for dealing with very big files?,但我没有看到任何可以帮助我的东西:(
我正在运行Rakudo version 2018.03 built on MoarVM version 2018.03
implementing Perl 6.c.
我意识到Rakudo还没有成熟到Perl5的水平(但是,我希望),但是如何在更合理的时间范围内逐行读取文件呢?
我会改变一些事情。
/.+X/
可以简化为/.X/
甚至$line.substr(1).contains('X')
$line.split(/\s+/)
可以简化为$line.words
$tsv.subst(/\.tsv$/, '.qqman.tsv')
可以简化为$tsv.substr(*-4) ~ '.qqman.tsv'
uint
而不是UInt
given .head {}
而不是for … {last}
given dir(test => /^nucleotide_\d**2_\d**2..3\.tsv$/).head -> $tsv {
say $tsv;
my $qqman = $tsv.substr(*-4) ~ '.qqman.tsv';
my $out = open $qqman, :w;
put "\t$qqman";
my uint $line-no = 0;
for $tsv.lines -> $line {
FIRST {
$line-no = 1;
$out.put(('SNP', 'CHR', 'BP', 'P', 'zscore').join("\t"));
next
}
next if $line.substr(1).contains('X');
++$line-no;
my ($chr,$nuc,$zscore,$p) = $line.words;
my $snp = "'rs$line-no'";
$out.put(($snp, $chr, $nuc, $p, $zscore).join("\t"));
#$out.put();
}
}