使用另一个函数中的“subset”函数对自定义 S4 类进行子集化

Question

我正在尝试为我的自定义 S4 类定义一个

subset

方法。虽然当我直接向

subset

提供子集设置标准时，子集设置按预期工作，但每当我在另一个函数中调用该方法时，该方法都会失败，其中子集设置标准从该函数传递到

subset

。

S4 类

myClass

由单个

data.frame

组成：

# Define class
setClass("myClass", slots = c(data = "data.frame"))

# Initiate a myClass object
dat <- new("myClass", data = data.frame(Letter = c("A", "A", "B"), Number = c(1, 2, 3)))

为了能够根据插槽

data.frame

中

data

的内容对类进行子集化，我定义了以下

subset

方法：

setMethod("subset", signature(x = "myClass"), function(x, ...) {
  x@data <- subset(x@data, ...)
  return(x)
})

该方法在调用时按预期工作，如下所示：

# Assume we only want to retain entries containing the letter "A"
whichletter <- "A"

# Subset (does work)
subset(dat, Letter %in% whichletter)

An object of class "myClass"
Slot "data":
  Letter Number
1      A      1
2      A      2

但是，当我尝试在另一个函数中运行

subset

时，子集标准是通过该函数的参数提供的，子集设置将不起作用：

# Random function that takes a letter `let`as argument
randomFunction <- function(object, let) {
  object_subsetted <- subset(object, Letter %in% let)
  return(object_subsetted)
}

# Subset (does not work)
randomFunction(object = dat, let = whichletter)

Error in Letter %in% let: object 'let' not found

这似乎是环境问题，但我无法弄清楚到底出了什么问题。有人建议如何避免此错误吗？

Answer 1

这是答案的一部分。我觉得这很奇怪，但显然与未命名的参数混在一起，允许

eval

当从

subset

调用时可以按需要工作。

在调试模式下，我输入了两个命令。结果如下：

Browse[2]> subset(object@data,Letter %in% let, envir='CurrentEnvironment')
  Letter Number
1      A      1
2      A      2
Warning message:
In subset.data.frame(object@data, Letter %in% let, envir = "CurrentEnvironment") :
 extra argument ‘envir’ will be disregarded 
Browse[2]> subset(object, Letter %in% let)
Error in eval(e, x, parent.frame()) : object 'let' not found

我这样做是因为当你的函数失败时我运行了

traceback

：

Rgames> randomFunction(object = dat, let = whichletter)
Error in eval(e, x, parent.frame()) : object 'let' not found
Rgames> traceback()
9: Letter %in% let
8: eval(e, x, parent.frame())
7: eval(e, x, parent.frame())
6: subset.data.frame(x@data, ...)
5: subset(x@data, ...)
4: subset(x@data, ...) at #2
3: subset(object, Letter %in% let)
2: subset(object, Letter %in% let) at #4
1: randomFunction(object = dat, let = whichletter)

因此，这意味着

subset.data.frame

无法正确地将

let

传递给

eval

调用——或者也许您需要传递像

这样的参数

subset(object, Letter %in% let, parent.frame(2))

我还没有测试过；我会让那些比我进一步评论更熟悉环境的人通过。我的猜测是，方法

subset.data.frame

不“高兴”传递额外的参数？