Nextflow 管道中的文件路径管理

Question

我有一个

.config

文件，其中包含各种工具的目录路径。我想隔离单个文件路径，例如：

/mount1/nextflow_dir/

，对于其他工具，我想添加一些简单的内容，如下面的 Python 代码所示：

import os
tool1_fp = os.path.join(main_config, 'tool1')
tool2_fp = os.path.join(main_config, 'tool2')

有没有办法使用 google 语言或其他语言在 NextFlow 中执行此目录，而不是依赖于额外的 pyhton 或 bash 脚本？

Answer 1

我能够使用修复它；

tool1_fp = "$main_config/tools1"