使用 R 根据循环热图中的特定行名称添加分割

Question

我是 R 新手。我想创建一个圆形热图并根据 https://jokergoo.github.io/2020/05/21/make-circular-heatmaps/ 设置一些分割，其中表示：

如果 split 参数的值是一个因子，则因子级别的顺序控制热图的顺序。如果 split 是一个简单向量，则热图的顺序是唯一的（split）。

# note since circos.clear() was called in the previous plot,
# now the layout starts from theta = 0 (the first sector is 'e')
circos.heatmap(mat1, split = factor(split, levels = c("e", "d", "c", "b", "a")), 
    col = col_fun1, show.sector.labels = TRUE)

我的数据是这样的：

这是我的代码

library(circlize)
library(ComplexHeatmap)
library(dendextend)

mat1=read.csv("esters.csv")
row.names(mat1)<-mat1[,1]#
mat2<-mat1[,-1]##remove the first column
mat3<-mat1[-1,]##remove the first row
#Draw circoheatmap

col_fun1 = colorRamp2(c(0, 0.00001, 0.0001, 0.001, 0.01,0.1, 0.4, 0.8), c("#FAFAFA", "#EAF7E7", "#E0F3DC", "#D7F0D1", "#CDEBC6", "#D5E4FD", "#8CACE3", "#5E7192"))##
circos.par(start.degree = 90, gap.degree = 10, gap.after = c(10))##

mat1 = mat1[sample(165, 165), ] # randomly permute rows
split = sample(letters[1:5], 165, replace = TRUE)
splits = factor(split, levels = letters[1:5])

circos.heatmap(mat2, col = col_fun1, split = splits, 
    dend.track.height = 0.15,
    dend.side = "inside", 
    rownames.side = "outside",
    dend.callback = function(dend, m, si) {
        color_branches(dend, k = 4, col = 1:4)
    }
)

#By default, the numeric matrix is clustered on rows.
#Used to draw legend


lgd = Legend(title = "Relative abundance", col_fun = col_fun1)
grid.draw(lgd)


circos.clear()

我想根据特定的行名称添加分割，例如“ester40”，“ester80”，“ester128”。例如，第一个分割或扇区包含名为“ester1、ester2、ester3、ester4...toester40”的 40 行以及从“H6d_T”到“M10d_P”的所有列。

我尽力去理解它，但还是不行。 有谁能告诉我应该输入什么吗

split = ???

Answer 1

在我的代码中我是这样解决的。 我只是创建了一个因子变量，因此用您的代码制作一个简化的示例...假设“ester1”、“ester2”、“ester3”是“group1”，而“ester4”、“ester5”、“ester6” ” 是“group2”。 假设

的输出

rownames(mat1)

退货

"ester1", "ester2", "ester3", "ester4", "ester5", "ester6"

首先你需要创建一个这样的列表

levels <- c("group1","group1","group1","group2","group2","group2")

使得

rownames

中的每个酯位置与其在

levels

向量中的基团之间存在对应关系。

那么简单

split=factor(levels)

现在您可以在

split

函数中使用这个

circos.heatmap

变量。