调用其他SLURMS的主SLURM脚本

Question

我是一名癌症研究员，我们想知道你们中是否有人知道如何制作一个称为其他诽谤的SLURM脚本。如果上一个脚本成功完成，请继续下一个调用。 I.E之类的：

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 
#SBATCH --tasks-per-node=1
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --mem=40GB?
#SBATCH --job-name=Master_script
#call first slurm
sbatch a.slurm
#if it completes successfully
if a.slurm:
   sbatch b.slurm
   if b.slurm:
      sbatch c.slurm
      sbatch d.slurm
      if c.slurm:
          sbatch e.slurm
      else:
         echo "c.slurm did not complete successfully"
   else:
      echo "b.slurm did not complete successfully"
else:
    echo "a.slurm did not complete successfully"

Answer 1

您可以使用--dependency的sbatch选项提交5个职位。

来自manpage：

-d， - dependency =延迟此作业的开始，直到满足指定的依赖关系为止。

在你的情况下，它会像这样：

A=$(sbatch --parsable a.slurm)
B=$(sbatch --parsable --dependency=afterok:$A a.slurm)    
C=$(sbatch --parsable --dependency=afterok:$B a.slurm)    
D=$(sbatch --parsable --dependency=afterok:$B a.slurm)    
E=$(sbatch --parsable --dependency=afterok:$D a.slurm)    

请注意，在这种情况下，如果依赖作业失败，依赖于其他作业的作业将无限期地保持挂起状态。您将需要手动清除它们，或者为--dependency=afternotok:...作业失败的情况提交空作业。

如果您的工作流程变得更加复杂，那么调查使用workflow managers或Bosco等Fireworks可能会很有趣。