如何运行一个程序文件中的每一行

Question

我有一个文件，如file.txt的：

Specie1
Specie2
Specie3

我有一个计划，这3种运行，它被称为bedtools getfasta

所以，我有想法是要做到：

cat file_species.txt |
while read line; do 
    bedtools getfasta -fi /path/${line}/${line}.fa -bed /path/${line}/Recover_fasta.bed -s -fo /path/${line}/Fasta_loci_seq.fa" ;
done

如果我做一个echo我得到：

bedtools getfasta -fi /path/Specie1/Specie1.fa -bed /path/Specie1/Recover_fasta.bed -s -fo /path/Specie1/Fasta_loci_seq.fa" ;
done
bedtools getfasta -fi /path/Specie2/Specie2.fa -bed /path/Specie1/Recover_fasta.bed -s -fo /path/Specie1/Fasta_loci_seq.fa" ;
done
bedtools getfasta -fi /path/Specie3/Specie3.fa -bed /path/Specie1/Recover_fasta.bed -s -fo /path/Specie1/Fasta_loci_seq.fa" ;
done

如果我刚刚过去的这些代码的作品，但我怎么能只执行它在我的第一个剧本后"do"而不是做一个回声，然后粘贴代码？

Answer 1

摆脱尾随双引号和分号结束，并与${line}替换"$line"：

cat file_species.txt |
while read line; do 
    bedtools getfasta -fi /path/"$line"/"$line".fa -bed /path/"$line"/Recover_fasta.bed -s -fo /path/"$line"/Fasta_loci_seq.fa
done