Coefplot.gllvm 显示每个分类因子水平的不同图，而不是每个因子

Question

我不太精通 R，但正在使用 GLLVM 包来评估季节和水量对浮游生物分布的影响 - 当我尝试使用 coeffplot.gllvm() 绘制系数图时，我得到每个因子水平的图，例如; season_factorSPRING 或 water_factorNeritic 但我想要一个仅针对因素（季节+水量）的系数图。另外，每个因素的一个水平都缺失了（我认为这已成为其他因素所依据的参考水平，但这是否正确？） - 有没有办法做到这一点？我一直遵循 [https://jenniniku.github.io/gllvm/articles/vignette1.html#model-with-environmental-variables] 作为指导，我能想到导致此问题的唯一区别是我的数据是分类数据集，而 AntTraits 数据集是数值数据集？

如有任何建议，我们将不胜感激。

到目前为止我的部分代码：

ALLData$water_factor <-factor(ALLData$water_type, 
                              levels = c("NW", "STW", "SAW"))
ALLData$season_factor<-factor(ALLData$season, 
                              levels = c("Spring", "Summer", "Autumn"))
 
data_ev <- ALLData[,c("station","Temp_avg","Sal_avg", "water_factor", "season_factor")]
head(data_ev)
# A tibble: 6 × 5
  station Temp_avg Sal_avg water_factor season_factor
    <dbl>    <dbl>   <dbl> <fct>        <fct>        
1       2    11.5     34.4 NW           Spring       
2       3    11.0     34.9 STW          Spring       
3       8     9.07    34.5 SAW          Spring       
4       9     8.58    34.3 SAW          Spring       
5       1    16.6     34.7 STW          Summer       
6       2    16.6     34.6 NW           Summer       

y <- as.matrix(data_zp)

X <- as.matrix(data_ev)
fit_env9<- gllvm(y,X, family = "negative.binomial", num.lv = 1,
                  formula = ~ season_factor + water_factor, seed = 1234)
coefplot.gllvm(fit_env9,cex.ylab = 0.7, mar = c(4,9,2,1), mfrow = c(2,2))

coefplot 输出 - 想要两个数字（季节和水）而不是按级别划分的季节和水：

Answer 1

为了更快获得答案，请随时在“讨论”选项卡下的 gllvm github 页面 上发帖。另请参阅这篇文章，它提供了一个解决方案（以代码形式），用于使用 emmeans R 包事后检索所有类别的效果。