PyPy比Python快17倍。 Python可以加速吗?

问题描述 投票:3回答:2

解决了最近的Advent of Code problem,我发现我的默认Python比PyPy慢约40倍。通过限制对this code的调用并通过在函数中运行来限制全局查找,我能够通过len将其降低到大约17倍。

现在,e.py在python 3.6.3上以5.162秒运行,在我的机器上在PyPy上运行.297秒。

我的问题是:这是JIT的不可缩短的加速,还是有某种方法可以加速CPython的回答? (没有极端的意思:我可以去Cython / Numba或其他什么?)我如何说服自己,我无能为力?


请参阅gist以获取数字输入文件列表。

the problem statement所述,它们代表跳跃偏移。 position += offsets[current],并将当前偏移量增加1.当跳转到达列表之外时,您就完成了。

这是给出的示例(需要5秒的完整输入更长,并且具有更大的数字):

(0) 3  0  1  -3  - before we have taken any steps.
(1) 3  0  1  -3  - jump with offset 0 (that is, don't jump at all). Fortunately, the instruction is then incremented to 1.
 2 (3) 0  1  -3  - step forward because of the instruction we just modified. The first instruction is incremented again, now to 2.
 2  4  0  1 (-3) - jump all the way to the end; leave a 4 behind.
 2 (4) 0  1  -2  - go back to where we just were; increment -3 to -2.
 2  5  0  1  -2  - jump 4 steps forward, escaping the maze.

代码:

def run(cmds):
    location = 0
    counter = 0
    while 1:
        try:
            cmd = cmds[location]
            if cmd >= 3:
                cmds[location] -= 1
            else:
                cmds[location] += 1
            location += cmd
            if location < 0:
                print(counter)
                break
            counter += 1
        except:
            print(counter)
            break

if __name__=="__main__":
    text = open("input.txt").read().strip().split("\n")
    cmds = [int(cmd) for cmd in text]
    run(cmds)

编辑:我使用Cython编译并运行代码,将运行时间降至2.53秒,但这仍然比PyPy慢几个数量级。

编辑:Numba gets me to within 2x

编辑:最好的Cython I could write下降到1.32s,略高于4x pypy

编辑:根据@viraptor的建议,将cmd变量移动到cdef中,使Cython降低到.157秒!几乎快了整整一个数量级,而且距离常规python不远。尽管如此,我对PyPy JIT的印象非常深刻,PyPy JIT完全免费完成了这一切!

python performance benchmarking pypy
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作为Python的基线,我在C中编写了这个(然后决定使用C ++来获得更方便的数组I / O)。它使用clang ++有效地编译x86-64。在Skylake x86上运行速度比问题代码CPython3.6.2快82倍,所以即使是速度更快的Python版本,仍然有几个因素可以跟上接近最佳的机器代码。 (是的,我查看了编译器的asm输出,以检查它是否做得很好)。

让一个好的JIT或者提前编译器看到循环逻辑是这里性能的关键。问题逻辑本质上是串行的,因此没有余地让Python运行已编译的C来对整个数组执行某些操作(如NumPy),因为除非你使用Cython或其他东西,否则不会为这个特定问题编译C 。让问题的每一步回到CPython解释器都是性能的死亡,当它的缓慢没有被内存瓶颈或任何东西隐藏时。


更新:将偏移数组转换为指针数组将其加速另一个因子1.5倍(简单寻址模式+从关键路径循环携带的依赖链中删除add,将其简化为4 cycle L1D load-use latency以进行简单寻址模式(when the pointer comes from another load),而不是6c = 5c + 1c用于索引寻址模式+ add延迟)。

但我认为我们可以对Python很慷慨而不期望它跟上算法转换以适应现代CPU:P(特别是因为我使用32位指针即使在64位模式下也能确保4585元素阵列仍然只有18kiB所以它适合32kiB L1D缓存。就像Linux x32 ABI那样,或AArch64 ILP32 ABI。)


此外,更新的替代表达式使gcc编译为无分支,就像clang一样。 (在这个答案中留下了注释和原始的perf stat输出,因为有趣的是看到无分支与错误预测的分支效果。)

unsigned jumps(int offset[], unsigned size) {
    unsigned location = 0;
    unsigned counter = 0;

    do {
          //location += offset[location]++;            // simple version
          // >=3 conditional version below

        int off = offset[location];

        offset[location] += (off>=3) ? -1 : 1;       // branchy with gcc
        // offset[location] = (off>=3) ? off-1 : off+1;  // branchless with gcc and clang.  

        location += off;

        counter++;
    } while (location < size);

    return counter;
}

#include <iostream>
#include <iterator>
#include <vector>

int main()
{
    std::ios::sync_with_stdio(false);     // makes cin faster
    std::istream_iterator<int> begin(std::cin), dummy;
    std::vector<int> values(begin, dummy);   // construct a dynamic array from reading stdin

    unsigned count = jumps(values.data(), values.size());
    std::cout << count << '\n';
}

使用clang4.0.1 -O3 -march=skylake,内环是无分支的;它对>=3条件使用条件移动。我使用? :,因为这是我希望编译器能做到的。 Source + asm on the Godbolt compiler explorer

.LBB1_4:                                # =>This Inner Loop Header: Depth=1
    mov     ebx, edi               ; silly compiler: extra work inside the loop to save code outside
    mov     esi, dword ptr [rax + 4*rbx]  ; off = offset[location]
    cmp     esi, 2
    mov     ecx, 1
    cmovg   ecx, r8d               ; ecx = (off>=3) ? -1 : 1;  // r8d = -1 (set outside the loop)
    add     ecx, esi               ; off += -1 or 1
    mov     dword ptr [rax + 4*rbx], ecx  ; store back the updated off
    add     edi, esi               ; location += off  (original value)
    add     edx, 1                 ; counter++
    cmp     edi, r9d
    jb      .LBB1_4                ; unsigned compare against array size

这是我的i7-6700k Skylake CPU上的perf stat ./a.out < input.txt(用于铿锵版)的输出:

21841249        # correct total, matches Python

 Performance counter stats for './a.out':

         36.843436      task-clock (msec)         #    0.997 CPUs utilized          
                 0      context-switches          #    0.000 K/sec                  
                 0      cpu-migrations            #    0.000 K/sec                  
               119      page-faults               #    0.003 M/sec                  
       143,680,934      cycles                    #    3.900 GHz                    
       245,059,492      instructions              #    1.71  insn per cycle         
        22,654,670      branches                  #  614.890 M/sec                  
            20,171      branch-misses             #    0.09% of all branches        

       0.036953258 seconds time elapsed

由于循环中的数据依赖性,每时钟的平均指令远低于4。下一次迭代的加载地址取决于此迭代的加载+添加,而无序执行无法隐藏。但它可以重叠更新当前位置值的所有工作。

int更改为short没有性能下降(如预期; movsx has the same latency as mov on Skylake),但是内存消耗减半,因此如果需要,更大的阵列可以适合L1D缓存。

我尝试将数组编译到程序中(如int offsets[] = { file contents with commas added };所以它不必被读取和解析。它也使得大小成为编译时常量。这将运行时间减少到~36.2 +/- 0.1毫秒,从~36.8,所以从文件中读取的版本仍然将大部分时间花在实际问题上,而不是解析输入。(与Python不同,C ++的启动开销可以忽略不计,我的Skylake CPU在最佳时钟速度上升到最大时钟速度由于Skylake的硬件P-state管理,在一毫秒之内。)


如前所述,使用像[rdi]而不是[rdi + rdx*4]这样的简单寻址模式的指针追逐具有1c较低的延迟,并且避免了addindex += offset变为current = target)。英特尔,因为IvyBridge在寄存器之间具有零延迟整数mov,因此不会延长关键路径。这是the source (with comments) + asm for this hacky optimization。典型的运行(文本解析为std::vector):23.26 +- 0.05 ms,90.725 M周期(3.900 GHz),288.724 M instructions(3.18 IPC)。有趣的是,它实际上是更多的总指令,但由于循环携带的依赖链的延迟较低,因此运行速度更快。


gcc使用分支,速度大约慢2倍。 (根据perf stat,整个程序中有14%的分支被错误预测。它只是作为更新值的一部分进行分支,但是分支未命中使管道失效,因此它们也会影响关键路径,而数据依赖性不在此处。这似乎是优化器的糟糕决定。)

重写有条件的offset[location] = (off>=3) ? off-1 : off+1;说服gcc与asm一起看起来不错。

gcc7.1.1 -O3 -march = skylake(用于编译(off <= 3) ? : -1 : +1分支的原始源)。

Performance counter stats for './ec-gcc':

     70.032162      task-clock (msec)         #    0.998 CPUs utilized          
             0      context-switches          #    0.000 K/sec                  
             0      cpu-migrations            #    0.000 K/sec                  
           118      page-faults               #    0.002 M/sec                  
   273,115,485      cycles                    #    3.900 GHz                    
   255,088,412      instructions              #    0.93  insn per cycle         
    44,382,466      branches                  #  633.744 M/sec                  
     6,230,137      branch-misses             #   14.04% of all branches        

   0.070181924 seconds time elapsed

与CPython(Arch Linux上的Python3.6.2):

perf stat python ./orig-v2.e.py
21841249

 Performance counter stats for 'python ./orig-v2.e.py':

       3046.703831      task-clock (msec)         #    1.000 CPUs utilized          
                10      context-switches          #    0.003 K/sec                  
                 0      cpu-migrations            #    0.000 K/sec                  
               923      page-faults               #    0.303 K/sec                  
    11,880,130,860      cycles                    #    3.899 GHz                    
    38,731,286,195      instructions              #    3.26  insn per cycle         
     8,489,399,768      branches                  # 2786.421 M/sec                  
        18,666,459      branch-misses             #    0.22% of all branches        

       3.046819579 seconds time elapsed

我没有安装PyPy或其他Python实现,抱歉。


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你可以改进小事,但是pypy(很可能)在这项任务中总是会更快。

对于CPython和Cython:

  • 不要一次读入整个文件。您可以随时迭代行,这可以节省(重新)分配成本。这需要您预先分配数组。
  • 也许从列表切换到array

对于Cython:

  • Mark the variable types。特别是作为ints的计数器和作为ints数组的命令可以跳过大多数类型检查。
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