如何为 r-base 创建一个具有 SafetyError 的新 conda 环境？

Question

我曾经创建了三个conda环境，其中两个使用r版本4.1.3，另一个使用3.6.1。现在，当我想创建新环境时，它会抛出以下错误：

SafetyError: The package for r-base located at /user/anaconda3/pkgs/r-base-4.1.3-h63daf7b_11
appears to be corrupted. The path 'lib/R/doc/html/packages.html'
has an incorrect size.
  reported size: 3061 bytes
  actual size: 47529 bytes

我正在使用以下命令创建一个新环境：

mamba create -n myenv -c conda-forge -c bioconda python r-base=4.1.3 r-essentials

我已经解决了许多 github 问题和 stackoverflow 问题，但是我找不到这个问题的通用解决方案。有一些关于删除 conda 包的建议，在我的例子中是 r-base。我不确定删除它是否会对其他环境造成任何问题。

我也尝试过克隆现有环境，但仍然有相同的错误。

我非常感谢任何帮助。

Answer 1

该错误涉及缓存的包，可能是由于运行某些导致在缓存中重新呈现 HTML 的内容而导致的。除非一个环境位于多个卷上（即符号链接），否则可以简单地删除它并让 Conda 下载一个新副本。

具体来说，删除文件夹

/user/anaconda3/pkgs/r-base-4.1.3-h63daf7b_11

以及任何随附的 tarball（如果存在）（即名称相同但带有

.tar.gz

或

.conda

）。然后 Conda 将下载一个应具有正确大小的新副本。