使用VTK进行DICOM图像分割和3d构造

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我正在处理.dcm图像(dicom图像)

在我的情况下,有152个2D图像切片。

我已使用https://www.raddq.com/dicom-processin ...链接进行细分。分割后,我在该分割区域上使用了感兴趣区域(ROI)。

现在我有参数x,y,w,h和从ROI获得的裁剪图像。

[我想使用带有python的VTK库以3D形式显示此分段数据。

有没有办法可视化此数据。我很困惑vtk的功能和参数是什么。

python-3.x image-processing vtk pydicom
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看那个工具,分段的输出存储为一个numpy数组。为了使用常见的图像可视化工具,您需要将该阵列存储为更通用的3D格式。

您可以使用SimpleITKitk-python将numpy数组导入ITK映像。您可以在此处找到特定的配方以及如何将结果存储到文件中:https://itkpythonpackage.readthedocs.io/en/latest/Quick_start_guide.html#mixing-itk-and-numpy

您保存的文件中缺少的一件事是有关图像的几何信息。解决此问题的最简单方法是首先将输入的DICOM图像系列转换为3D格式(您可以使用dcm2niix进行此操作,该操作会将生成的体积存储为NIfTI),然后使用上述SimpleITK或itk- python,这也使您可以选择将加载的图像导出到numpy数组中。如果从该数组开始执行分割任务,则分割numpy数组中的体素的排列将与图像numpy数组中的体素相同。因此,当您将numpy数组导出到SimpleITK或itk-python图像中时,可以复制图像几何图形以初始化分割几何图形(您将需要使用Get/SetDirectionGet/SetSpacingGet/SetOrigin)。

一旦将其存储在文件中,就可以使用诸如3D Slicer之类的工具来加载原始DICOM图像系列和叠加分割结果。

不幸的是,这是很多步骤,我知道这会造成混淆。但希望它能帮助您入门!

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