常见的分子可视化软件中分子是如何着色的?

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我会尽量准确描述这个情况,如有遗漏请见谅

几年前,我们开始试验使用 Unity 开发的用于 STEM 教育的虚拟现实应用程序。我们特别感兴趣的是观察蛋白质和小分子的分子结构。由于我们不确定加载完整结构的计算负载,我们决定首先尝试将分子从 RCSB 数据库下载到 Chimera,按照我们想要的方式对它们进行着色和样式化,然后将它们保存为 3D 对象并将它们导入 Unity .除了去除所有颜色外,这很有效(出于某种原因,这不会发生在从 PubChem 下载的小分子上)。我们尝试了多种方法来查看是否可以保留颜色。我们以每种常见的 3d 文件格式保存,我们尝试在格式之间进行转换,我们尝试通过不同的 3d 建模软件(Blender、Rhino 和 MeshLab)。我似乎记得 MeshLab 正确地加载了颜色,但我们仍然无法将它们正确地加载到 Unity 中。

我深入研究了网络,看看是否能找到答案,而我能做的最好的事情就是找到一个网站,该网站暗示按照惯例,大多数分子可视化软件使用顶点着色而不是网格对分子进行着色。这对我来说听起来很奇怪,尤其是在谈论分子表面时,但我再也找不到该网站来更深入地探讨这个问题。

现在这主要是一个有争议的问题,因为一旦我们对开发过程更加熟悉,我们就切换到 UnityMol,但是我们其中一份手稿的审稿人对我们在开发中面临的技术挑战很感兴趣。我想提及颜色问题,但最好以有意义的方式提及。在分子可视化领域工作过的人知道我在说什么吗?

unity3d 3d virtual-reality meshlab
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我认为混淆的根源在于大多数标准 Unity 着色器都不以任何方式表示顶点颜色。你需要一个自定义着色器或者 AFAIK Unity 标准粒子着色器也显示顶点颜色。

顶点颜色不用于“代替”网格,而是在网格内的其他顶点数据之上,例如:Vector3 用于位置,Vector2 uv(或 texcoord),Color 用于顶点颜色(着色器内的 float4)等.对于任何网格或 3D 模型,其中一些是可选的,例如顶点颜色。

许多 3D 模型不会以任何方式“使用”顶点颜色,因此它们通常甚至不会保存在模型文件中。尽管如此,如果你想在没有纹理的情况下工作但有一些漂亮的颜色,顶点颜色是完美的(例如在科学环境中)。

如果这有帮助或者您需要更多信息,请告诉我!

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