无法从 OpenSUSE Leap 15.2 安装 arm 和 lme4 软件包

Question

我正在使用

OpenSUSE Leap 15.2

操作系统以及预装的

R v3.5.0

。除了

rstudio

之外，我不需要安装任何软件包。

以下是安装详细信息：

> sessionInfo()

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-suse-linux-gnu (64-bit)
Running under: openSUSE Leap 15.2

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=fr_FR.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=fr_FR.UTF-8        LC_COLLATE=fr_FR.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=fr_FR.UTF-8    LC_MESSAGES=fr_FR.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=fr_FR.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=fr_FR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0

我在安装分析所需的两个软件包时遇到困难：

arm

和

lme4

。我毫无问题地安装了我也需要的

ggplot2

软件包。

无论是从 RStudio 图形界面还是从 R 命令行（在终端内），我都会收到大量我无法解释的错误...

我在法国尝试了各种回购协议，也遇到了同样的问题。请注意，这两个软件包在 Windows 10 操作系统上安装得很好。

安装输出最终为：

ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/RcppEigen’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘latticeExtra’ is not available for package ‘Hmisc’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/Hmisc’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘Hmisc’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘minqa’, ‘nloptr’, ‘statmod’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/lme4’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘lme4’, ‘Hmisc’ are not available for package ‘arm’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/arm’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘arm’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmp5c12rX/downloaded_packages’

我确实观察到大量有关 Eigen 内容的错误行，如下所示：

../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:665:8:   required from ‘struct Eigen::internal::evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:349:39:   required from ‘class Eigen::internal::redux_evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:416:17:   required from ‘typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar Eigen::DenseBase<Derived>::redux(const Func&) const [with BinaryOp = Eigen::internal::scalar_sum_op<double, double>; Derived = Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> >; typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar = double]’

我找不到如何将完整安装输出导出到文件中，因此我无法在这里提供更多详细信息...

非常感谢您的帮助和建议！

托马斯

--编辑--

完成我的问题：

我在虚拟机上安装了 Ubuntu Focal Fossa (21)（通过 VirtualBox），并且该软件包安装顺利，没有任何问题...
我尝试安装小依赖包
```
minqa
```
，我得到以下输出：

我可以看到其他错误消息，例如

make: gfortran: command not found

，这可能有帮助......

--编辑--

我成功导出了

arm

包安装尝试的输出。请注意，这是从 R 版本 4.1.0 开始完成的，我也安装在我的 OpenSUSE 系统上（参见评论）：

thomas@localhost:~> sudo R

R version 4.1.0 (2021-05-18) -- "Camp Pontanezen"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-suse-linux-gnu (64-bit)

R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
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en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.

> install.packages(pkgs="arm", repos="http://cran.univ-lyon1.fr/")

installation des dépendances ‘jpeg’, ‘latticeExtra’, ‘lme4’, ‘Hmisc’

essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/jpeg_0.1-8.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 18116 bytes (17 KB)
==================================================
downloaded 17 KB

essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/latticeExtra_0.6-29.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1292315 bytes (1.2 MB)
==================================================
downloaded 1.2 MB

essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/lme4_1.1-27.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3302287 bytes (3.1 MB)
==================================================
downloaded 3.1 MB

essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/Hmisc_4.5-0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 775444 bytes (757 KB)
==================================================
downloaded 757 KB

essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/arm_1.11-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 79464 bytes (77 KB)
==================================================
downloaded 77 KB

* installing *source* package ‘jpeg’ ...
** package ‘jpeg’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
gcc -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include   -fpic  -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection  -c read.c -o read.o
In file included from read.c:1:0:
rjcommon.h:11:10: fatal error: jpeglib.h: Aucun fichier ou dossier de ce type
 #include <jpeglib.h>
          ^~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [/usr/lib64/R/etc/Makeconf:168: read.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘jpeg’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/jpeg’
* installing *source* package ‘lme4’ ...
** package ‘lme4’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG  -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include  -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic  -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection  -c external.cpp -o external.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG  -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include  -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic  -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection  -c glmFamily.cpp -o glmFamily.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG  -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include  -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic  -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection  -c optimizer.cpp -o optimizer.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG  -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include  -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic  -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection  -c predModule.cpp -o predModule.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG  -I'/usr/lib64/R/library/Rcpp/include' -I'/usr/lib64/R/library/RcppEigen/include' -I/usr/local/include  -DNDEBUG -DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic  -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector-strong -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection  -c respModule.cpp -o respModule.o
Erreur : le package ‘Rcpp’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller, s'il-vous-plait
Exécution arrêtée
g++ -std=gnu++14 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o lme4.so external.o glmFamily.o optimizer.o predModule.o respModule.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
Erreur : le package ‘Rcpp’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller, s'il-vous-plait
Exécution arrêtée
installing to /usr/lib64/R/library/00LOCK-lme4/00new/lme4/libs
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error: le chargement du package ou de l'espace de noms a échoué pour ‘Matrix’ :
le package ‘Matrix’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller, s'il-vous-plait
Erreur : le package ‘Matrix’ ne peut être chargé
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘lme4’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/lme4’
ERROR: dependency ‘jpeg’ is not available for package ‘latticeExtra’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/latticeExtra’
ERROR: dependency ‘latticeExtra’ is not available for package ‘Hmisc’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/Hmisc’
ERROR: dependencies ‘lme4’, ‘Hmisc’ are not available for package ‘arm’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/arm’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmpz1IryW/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Messages d'avis :
1: Dans install.packages(pkgs = "arm", repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
  installation of package ‘jpeg’ had non-zero exit status
2: Dans install.packages(pkgs = "arm", repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
3: Dans install.packages(pkgs = "arm", repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
  installation of package ‘latticeExtra’ had non-zero exit status
4: Dans install.packages(pkgs = "arm", repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
  installation of package ‘Hmisc’ had non-zero exit status
5: Dans install.packages(pkgs = "arm", repos = "http://cran.univ-lyon1.fr/") :
  installation of package ‘arm’ had non-zero exit status

Answer 1

根据我的经验，Unix 上的这些错误通常源于缺少外部库。例如，安装 R

xml2

软件包需要通过系统软件包管理器（即 R 之外）安装

libxml2-dev

，否则安装将失败。

我看不懂法语，但在我看来，由于缺少外部 jpeg 库，依赖项

jpeg

失败了，然后所有内容都从那里级联。您可以尝试安装某个版本的

libjpeg

库。我知道它预装在 Ubuntu 中，这可能就是它对你有用的原因。我有点惊讶它没有安装在 OpenSUSE 中，但我没有使用 OpenSUSE 的经验。

Answer 2

答案/评论中提供了很多好的建议，但即使在遵循所有建议之后，我还遇到了几个问题。

以下是我在 OpenSuse Leap 15.2 VM 上成功安装 lme4 和 arm for R v3.5.0 的步骤 (https://www.osboxes.org/opensuse/):

下载并安装R（v3.5.0）以及所需的编译相关软件

sudo zypper install R-core
sudo zypper install R-base
sudo zypper install gcc
sudo zypper install gcc-c++
sudo zypper install gfortran
sudo zypper install ed
sudo zypper install libtool
sudo zypper install nlopt-devel

从 https://cran.r- 下载latticeExtra的存档版本（https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/latticeExtra/latticeExtra_0.6-26.tar.gz） project.org/src/contrib/Archive/latticeExtra/
打开 R 并安装软件包

install.packages("~Downloads/latticeExtra_0.6-26.tar.gz", repos = NULL)
install.packages("nloptr")
install.packages("Hmisc")
install.packages("lme4")
install.packages("arm")

要安装其他所需的软件包，请从 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ 找到与 Rv3.5.0 兼容的存档版本并在本地安装（例如
```
install.packages("~Downloads/latticeExtra_0.6-26.tar.gz", repos = NULL)
```
）

Answer 3

来自 lme4 封装页面：

The core computational algorithms are implemented using the 'Eigen' C++ library for numerical linear algebra and 'RcppEigen' "glue".

https://cran.r-project.org/web/packages/lme4/index.html

我猜你必须安装 Eigen c++ 库，你可以在here找到方法。这更有可能是因为 rcppeigen 安装失败。我会安装 Eigen，然后安装 rcppeigen 和glue，然后尝试安装出现错误的其他软件包。

Answer 4

在我的系统（openSUSE Tumbleweed 20240308）上，解决方案是安装

gcc-fortran

库，它是 fortran 的 编译器。我首先尝试安装

libgfortran5

，但这不起作用，因为它是一个 fortran runtime 库。

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