如何在R中单独合并netcdf文件？

Question

我是R的用户，并希望在以下方面提供一些帮助：我有两个netcdf文件（每个尺寸为30x30x365）和另一个30x30x366。这3个文件包含一年的每日数据，其中最后一个维度是指时间维度。我想单独组合它们，即我希望输出文件包含30x30x1096。

注意：我看到了类似的问题，但输出结果是平均值（即30x30x3），我不想要。

Answer 1

从我在下面看到的评论你似乎想要在时间维度合并3个文件。作为R的替代方案，您可以使用cdo（气候数据运算符）从命令行快速完成此操作：

cdo mergetime file1.nc file2.nc file3.nc mergedfile.nc

或使用通配符：

cdo mergetime file?.nc mergedfile.nc

cdo很容易在ubuntu下安装：

sudo apt install cdo 

Answer 2

如果不确切知道您拥有的维度和变量，这可能足以让您入门：

library(ncdf4)

output_data <- array(dim = c(30, 30, 1096))
files <- c('file1.nc', 'file2.nc', 'file3.nc')
days <- c(365, 365, 366)

# Open each file and add it to the final output array
for (i in seq_along(files)) {
    nc <- nc_open(files[i])
    input_arr <- ncvar_get(nc, varid='var_name')
    nc_close(nc)

    # Calculate the indices where each file's data should go
    if (i > 1) {
        day_idx <- (1:days[i]) + sum(days[1:(i-1)])
    } else {
        day_idx <- 1:days[i]
    }

    output_data[ , , day_idx] <- input_arr
}

# Write out output_data to a NetCDF. How exactly this should be done depends on what
# dimensions and variables you have.

# See here for more:
#   https://publicwiki.deltares.nl/display/OET/Creating+a+netCDF+file+with+R