我已经使用 Cytoscape 的 EnrichmentMap 应用程序几个星期了，在 g:Profiler 中创建 GEM 文件并使用 EnrichmentMap 可视化结果。我创建的所有文件直到今天都有效。我在 g:Profiler 中为不同的基因列表生成了 8 个 GEM 文件，其中 4 个创建了图形的正确网络可视化，其中标记的圆形节点在单击“构建”时带有连接它们的边。另外 4 个创建一个连接未标记的红色矩形的边网络。我无法向 Stack Overflow 添加图片来显示此文件或 GEM 文件。
我在 Windows 10 上使用 Cytoscape 3.8.2。创建网络可视化时没有错误。
我检查了有效和无效的 GEM 文件，它们没有显示出任何明显的差异。任何建议将不胜感激，并提前谢谢您！
很抱歉听到您的问题。通常，“红色节点”意味着未加载视觉样式。您只需选择样式即可在 Cytoscape 中轻松修复该问题。查看名为“EM1_Visual_Style”的样式（可能是 1 以外的其他数字）并选择它。希望这能让您恢复风格。