使用ImageJ测量强度

Question

我们必须使用imagej测量某些图像区域的荧光强度。我们想出了以下步骤来测量强度。虽然看起来似乎是正确的，但我的问题是 - >我们是否正确地使用以下步骤正确地测量强度，或者我们是否错误地测量了其他东西并且认为该值是强度？

1. 使图像为8位
2. 阈值图像（“图像”>“调整”>“阈值”）以勾勒出所有区域的轮廓，然后单击“应用”
3. 打开分析>分析粒子。确保单击“添加到管理器”
4. 分析>分析粒子>显示>裸露轮廓。这将打开一个新的图像。
5. 打开彩色显微镜图像。然后，图像>叠加>从ROI管理器。
6. 图像>叠加>到ROI管理器。
7. 在ROI管理器中：按“测量”。（将弹出一个包含单个数据点的结果窗口）
8. 右键单击Results窗口，然后单击Summarize。
9. 记录平均强度数据

我们是否正确使用上述步骤测量平均强度数据？

Answer 1

在imageJ中测量强度时，您需要注意一些事项：

1. ImageJ自动将图像转换为8位
2. 如果可用的话，你应该总是使用RAW
3. 如果您的显微镜无法将文件保存为RAW格式，则必须使用.tif，其他格式会产生伪影
4. 如果使用.tif格式，请将通道单独保存为RGB堆栈

在阈值之前，您必须分割通道，特别是如果您正在寻找特定波长的荧光。

您还需要在阈值之后使用“分水岭”功能，以便勾勒出单个单元格，从而避免勾勒出一组全球化的单元格。这样您就可以测量它们各自的强度。然而，它并不完美，所以一旦ROI弹出并且细胞已通过粒子分析概述，您必须通过并确保它测量单个细胞。应删除包含多个单元格的任何轮廓。还要寻找奇怪形状的细胞或微核，这些也应该被删除。

现在我假设你正在测量人体癌细胞。你应该使用这些设置：

完成所有这些后，您应用叠加层。无论您覆盖的是什么图像，您还必须分割其中的通道并使用包含您正在测量的波长的通道（即：Alexaflour 488将位于GFP通道中）。

如果你一直在收集数据而不这样做，我会把所有数据都丢弃，因为收集它的程序没有控制任何东西。

还有where to go to ask this stuff。