在R中按组获取标准偏差

Question

我想按R中的组（在这种情况下为相同的属和种）获得标准偏差。但是，我的某些组由n = 1组成，因此我无法计算标准差。

这里是一个与我的真实数据集相似的随机数据集

x = structure(list(V1 = structure(c(1L, 2L, 2L, 3L, 3L), .Label = c("Genus1", 
"Genus2", "Genus3"), class = "factor"), V2 = structure(c(1L, 
2L, 2L, 3L, 3L), .Label = c("Species1", "Species2", "Species3"
), class = "factor"), V3 = c(6.32, 8.43, 8.31, 9.29, 8.96)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -5L))

所需的输出是这样的吗？不确定处理n = 1个小组的最佳方法。

    V1        V2             V3
Genus1  Species1    
Genus2  Species2    0.084852814
Genus2  Species2    
Genus3  Species3    0.233345238
Genus3  Species3    

Answer 1

Base R

aggregate(x$V3, x[,c("V1","V2")], sd)
#       V1       V2          x
# 1 Genus1 Species1         NA
# 2 Genus2 Species2 0.08485281
# 3 Genus3 Species3 0.23334524

data.table方法：

library(data.table)
as.data.table(x)[, .(sigma = sd(V3)), by = .(V1, V2)]
#        V1       V2      sigma
# 1: Genus1 Species1         NA
# 2: Genus2 Species2 0.08485281
# 3: Genus3 Species3 0.23334524

Answer 2

使用dplyr，我们将'V1'，'V2'分组，并在'V3'上应用sd，以获得'V3'的标准偏差

library(dplyr)
x %>% 
    group_by(V1, V2) %>%
    summarise(V3 = sd(V3))