在一个闪亮的应用程序中的“read_excel”

Question

我有一个闪亮的应用程序，使用包read.xlsx中的xlsx函数。一切正常，但我想从read_excel更改为readxl，希望它更快，能够处理大文件。

你的部分：

fileInput("inputFile","Upload file...")

服务器部分：

  data <- reactive({
    inFile <- input$inputFile
    if (is.null(inFile)) { return(NULL) }    
    dataFile <- read_excel(inFile$datapath,sheet=1)
    return(dataFile)
  })

我收到“未知格式”错误。

inFile $ datapath是“/tmp/.../60974676c7287e913d1c0dc5/0” inFile $ type是“application / vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet”

问题1：有没有办法告诉read_excel它是一个xlsx类型的文件？ 问题2：是否可以控制上传文件的存储位置？

Answer 1

这是一个带有readxl包的open issue。提供的当前解决方法是复制文件数据路径并附加.xlsx。这是我的机器上的一个工作示例，仅限于使用.xlsx而不是file.rename编辑的file.copy文件。

library(shiny)
library(readxl)

runApp(
    list(
        ui = fluidPage(
            titlePanel("Use readxl"),
            sidebarLayout(
                sidebarPanel(
                    fileInput('file1', 'Choose xlsx file',
                              accept = c(".xlsx")
                              )
                    ),
                mainPanel(
                    tableOutput('contents'))
                )
            ),
        server = function(input, output){
            output$contents <- renderTable({
                inFile <- input$file1

                if(is.null(inFile))
                    return(NULL)
                file.rename(inFile$datapath,
                          paste(inFile$datapath, ".xlsx", sep=""))
                read_excel(paste(inFile$datapath, ".xlsx", sep=""), 1)
            })
        }
        )
    )

编辑请注意，使用1.1.0版本的readxl，它不再需要重命名文件。以下工作对我来说没有问题。

library(shiny)
library(readxl)

runApp(
  list(
    ui = fluidPage(
      titlePanel("Use readxl"),
      sidebarLayout(
        sidebarPanel(
          fileInput('file1', 'Choose xlsx file',
                    accept = c(".xlsx")
          )
        ),
        mainPanel(
          tableOutput('contents'))
      )
    ),
    server = function(input, output){
      output$contents <- renderTable({

        req(input$file1)

        inFile <- input$file1

        read_excel(inFile$datapath, 1)
      })
    }
  )
)

Answer 2

确保用户确实上传了.xlsx文件，或者您需要检查您自己的扩展名以在读取功能之间切换。您可以按如下方式提取扩展名：

library(shiny)
library(readxl)

runApp(
list(
    ui = fluidPage(
        titlePanel("Use readxl"),
        sidebarLayout(
            sidebarPanel(
                fileInput('file1', 'Choose xlsx file',
                          accept = c(".xlsx")
                          )
                ),
            mainPanel(
                tableOutput('contents'))
            )
        ),
    server = function(input, output){
        output$contents <- renderTable({
            inFile <- input$file1

            if(is.null(inFile))
                return(NULL)

            ext <- tools::file_ext(inFile$name)
            file.rename(inFile$datapath,
               paste(inFile$datapath, ext, sep="."))
            read_excel(paste(inFile$datapath, ext, sep="."), 1)
         })
        }
    )
)