在特定目录使用conda环境

Question

作为一个研究小组，我们希望使用一个通用的 conda 环境来安装通用的软件包。我们希望在集群/超级计算机中执行此操作。

我找不到任何关于如何使用特定目录中的环境的信息，换句话说，我们如何激活特定目录中的环境。 预先感谢。

Answer 1

共享（集中）命名环境的提示

我为计算生物学课程的学生提供共享环境，其中大部分作业都涉及使用 HPC。一些建议：

1. 为共享环境创建一个文件夹（例如

   /shared/conda_envs

   ）。对于班级来说，这个文件夹是

   r-x

   ——仅供学生使用；对于一个研究小组，这取决于你，但我仍然会做同样的事情，并让一个负责创建新环境的实验室工作人员具有写入权限（可能是你）。

2. 让用户将此文件夹添加到他们的 Conda 配置中（附加，因此他们不会默认在那里创建环境）：

   conda config --append envs_dirs /shared/conda_envs
   

   这允许用户通过名称而不是通过前缀来引用环境。

3. 在那里创建环境时，请在复制模式下进行。这可以避免任何链接回创建用户的包缓存。

   CONDA_ALWAYS_COPY=1 mamba env create -f env1.yaml -p /shared/conda_envs/env1