在R中使用fread时，如何处理分隔符之间没有空格的数据

Question

我正在通过.txt将一个大的R文件（> 1GB）读入fread。我正在通过bash命令直接从.zip存档中读取该文件：

base = fread('unzip -p Folder.zip File.txt', sep = '|', header = FALSE, 
stringsAsFactors = FALSE, na.strings="", quote = "", col.names = col_namesMain)

文本文件通过|分隔条目，以便典型的行可能如下所示：

RRX|||02020||333293||||12123

然而，在许多地方，空条目由分隔符表示，它们之间没有空格，例如， ||在上面的示例行中。

使用fread时，通常会完全读入这些相邻的分隔符，以便上面的行返回以下条目：

RRX, ||02020|, 333293|||, 12123

什么时候应该读作：

RRX, NA, NA, 02020, NA, 333293, NA, NA, NA, 12123

我尝试使用read.table选项skipNul = TRUE，这很有效。但是，skipNul似乎没有类似于fread的选项。如果可能的话，我更愿意使用fread而不是read.table，因为我有几个非常大的文件。尽管我搜索过，但我还没有对这个问题进行过多讨论。任何帮助非常感谢。

Answer 1

我尝试使用带有选项skipNul = TRUE的read.table，这非常有效。但是，似乎没有任何类似于skipNul的选项可用于fread。

这已于2019年4月15日在dev 1.12.3中修复（请参阅NEWS）：

3. fread（）现在跳过嵌入的NUL（\ 0），＃3400。感谢Marcus Davy举报的例子和Roy Storey的初步公关。