我有一些这种格式的目录和文件
/home/scratch/test/123/local/test.vcf.gz
/home/scratch/test/456/local/test.vcf.gz
/home/scratch/test/789/local/test.vcf.gz
我有一段代码片段,基本上指向这些目录,并将所有test.vcf.gz合并到Rdata中,但是这部分代码引发错误
dat = read_csv("input.csv") %>%
gather(pipeline, id, `SRS`) %>%
mutate(pipeline_clean = c("SRS" = "main")[pipeline]) %>%
mutate(output = sprintf("/home/scratch/test/%s/local/%s", id)) %>%
mutate(Group.Id = sprintf("%s_%s_%s_%s", prep, platform, pipeline_clean, ref))
Error: Problem with `mutate()` input `output`.
x too few arguments
ℹ Input `output` is `sprintf(...)`.
但是当我将输出目录更改为/home/scratch/test/123/local/%s
时,它不会引发任何错误。我假设可以使用%s
为多个变量提供路径,任何建议都将有所帮助。
谢谢
如果要多次插值相同的值,即%s
重复两次,则需要重复sprintf
中的参数
...
mutate(output = sprintf("/home/scratch/test/%s/local/%s", id, id)) %>%
...
如果后缀始终为test.vcf.gz
,那么我们可以删除最后一个%s
mutate(output = sprintf("/home/scratch/test/%s/local/test.vcf.gz", id))