如何从 UMAP 集群的一部分创建新的 Seurat 对象？

Question

我的任务是对 PBMC 数据集中的 T 细胞进行分析。我收到了 9 个簇，代码如下。

pbmc <- RunUMAP(pbmc, dims = 1:10)

DimPlot(pbmc, reduction = "umap")

簇 0、2、4 和 6 是 T 细胞，我想将它们提取到 RStudio 中的新 Seurat 对象中。

我尝试使用

clusters <- c(0, 2, 4, 6)

tcells <- pbmc %>% subset(Idents() %in% clusters)

但我收到错误

FetchData()

Answer 1

子集函数采用 idents 参数，因此您可以执行以下操作：

subset(pbmc, idents = c("0","2","4","6"))

另请注意，集群名称是字符而不是数字。
更一般的答案是，您可以通过执行以下操作对任何元数据列进行子集化

subset(object, subset = colname %in% values)

所以在你的情况下可能是

subset(pbmc, subset = seurat_clusters %in% c("0", "2", "4", "6"))