我正在尝试使用包中的Rcpp将C ++中的简单Student类公开给R。这是我的设置......
// Student.hpp
#ifndef Student_hpp
#define Student_hpp
#include <string>
#include <vector>
class Student
{
public:
// Constructor
Student(std::string name, int age, bool male);
// Getters
std::string GetName();
int GetAge();
bool IsMale();
std::vector<int> GetFavoriteNumbers();
// Methods
bool LikesBlue();
private:
// Member variables
std::string name;
int age;
bool male;
std::vector<int> favoriteNumbers;
};
#endif /* Student_hpp */
// Student.cpp
#include "Student.hpp"
// Constructor
Student::Student(std::string name, int age, bool male) {
this->name = name;
this->age = age;
this->male = male;
this->favoriteNumbers = {2, 3, 5, 7, 11};
}
// Getters
bool Student::IsMale() { return male; }
int Student::GetAge() { return age; }
std::string Student::GetName() { return name; }
std::vector<int> Student::GetFavoriteNumbers() { return favoriteNumbers; }
// Methods
bool Student::LikesBlue() {
return (male || age >= 10);
}
// glue.cpp
// To use c++11, first run: Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-std=c++11") ...or use a Makevars file
#include <Rcpp.h>
#include "Student.hpp"
using namespace Rcpp;
//' Simulate a student
//'
//' @export
// [[Rcpp::export]]
std::vector<int> simulate_student() {
Student s = Student("bob", 10, true);
return s.GetFavoriteNumbers();
}
// Expose (some of) the Student class
RCPP_MODULE(Student){
class_<Student>("Student")
.constructor<std::string,int,bool>()
.method("LikesBlue", &Student::LikesBlue)
;
}
#' student
#'
#' A cool package
#'
#' Imports
#' @useDynLib student, .registration = TRUE
#' @importFrom Rcpp sourceCpp
"_PACKAGE"
Rcpp::loadModule(module = "Student", TRUE)
在调用devtools::document()之后，我得到以下NAMESPACE文件
# Generated by roxygen2: do not edit by hand
export(simulate_student)
importFrom(Rcpp,sourceCpp)
useDynLib(student, .registration = TRUE)
现在，在从RStudio（即R CMD INSTALL --preclean --no-multiarch --with-keep.source student）进行清理和重建之后，程序包编译并加载没有问题。如果我运行simulate_student()函数，我得到预期的结果。但是，当我尝试用stud <- new(Student)创建一个新的Student对象时，我在.getClassesFromCache（Class）中得到错误：找不到对象'Student'
这个问题与this SO post类似，但接受的答案似乎并没有解决我的问题。此外，我已经研究了Dirk提到的Annoy source code，但我没有看到该代码与我之间有任何有用的差异，除了我尝试在我的代码中放置的RCPP_EXPOSED_CLASS_NODECL(AnnoyEuclidean)片段，但也没有帮助。
浏览这两个软件包，主要区别在于如何设置函数的导入和导出。
特别是，methods文件中缺少Rcpp和NAMESPACE包作为完全导入。此外，不是单独导出每个函数，而是使用全局导出模式。
useDynLib(RcppAnnoy, .registration=TRUE)
import(methods, Rcpp)
exportPattern("^[[:alpha:]]+") # export all identifiers starting with letters
roxygen2：
#' @useDynLib RcppStudent, .registration = TRUE
#' @import methods Rcpp
#' @exportPattern "^[[:alpha:]]+"
NAMESPACE：
# Generated by roxygen2: do not edit by hand
exportPattern("^[[:alpha:]]+")
import(Rcpp)
import(methods)
useDynLib(RcppStudent, .registration = TRUE)
对this SO post的回答和评论对我有所帮助。我似乎需要
1）将@importFrom Rcpp sourceCpp改为@import Rcpp和
2）将export(Student)添加到我的NAMESPACE文件中（虽然我正在搜索如何使用roxygen2很好地执行此操作而不是手动插入）
经过上述更改后我就可以运行了
> stud <- new(Student, name = "Ben", age = 26, male = T)
> stud$LikesBlue()
[1] TRUE
UPDATE
似乎我可以添加#' @export Student给student.R for roxygen自动将export(Student)位添加到我的NAMESPACE，这样我就不必手动修改NAMESPACE了。
UPDATE2 我已经记录了我在this blog post的步骤